陈独秀曾是激烈的废除宗教论者。他说：“宗教之为物，将于根本上失其独立存在之价值矣。”“若论及宗教，愚一切皆非之。”[22]“一切宗教，皆在废弃之列。”道理很简单，随着科学的发展，人类社会的“一切人为法则”，终将为自然科学法则所代替，“然后宇宙人生，真正契合”。所以，他主张“以科学代宗教”。[23]在“科学万能”思想的指导下，陈独秀相信，宗教固然无须存在，人类的情感也贬值了，因为人不单没有灵魂，“生时一切苦乐善恶，都为物质界自然法则所支配”，[24]情感同样也是可以由科学来支配的。值得注意的是，胡适等人实际上也持同样的观点。胡适曾引吴稚晖的话说：“我以为动植物且本无感觉，皆止有其质力交推，有其辐射反应，如是而已。譬之于人，其质构而为如是之神经系，即其力生如是之反应。所谓情感、思想、意志等等，就种种反应而强为之名，美其名曰心理，神其事曰灵魂，质直言之曰感觉，其实统不过质力之相应。”[25]把人仅仅看成是由几多血肉筋骨组成的动物，以为其情感、思想、意志等精神活动，都不过是“质力相应”而已，因此借助科学方法可以支配人类的情感，可以统一人类的人生观。这正是西方近代典型的科学主义的机械论。
在反省现代性者看来，所谓机械论，说到底，就是“科学万能”论，无视人类的宗教情感与精神的世界，把人变成了机器；终至于造成近代西方文化物质文明偏胜，而精神文明偏枯的畸形发展，乃至酿成了欧战的惨剧。蔡元培显然认同这一点，所以他始终坚持自己“以美育代替宗教”的主张，而于陈独秀的“以科学代宗教”论，不以为然。1917年2月，蔡元培因《新青年》记者转载自己在政学会和信教自由会上的演讲，“其中大违鄙人本意之点，不能不有所辩正”，致书陈独秀，澄清观点，集中谈了自己对于宗教与情感问题的见解。他认为，科学发达之后，一切知识道德的问题固然皆当归科学证明，而与宗教无涉；但是，科学毕竟不能回答全部问题，如宇宙之大小终始等等，这些就需归于哲学研究。任取一家之言而信仰之，便是宗教。一家假说不能强人信仰，宗教信仰因之必须是绝对自由的。很清楚，蔡元培既不认同科学万能，也不认同废弃宗教论。由是以进，他更强调了人类情感和借以提升情感的美术的极端重要性。蔡元培借用生命哲学的术语说：人类及其一切生物与无生物的存在，都不外乎意志。道德属于意志。只是人类的意志不可能离开知识与情感而单独存在，“凡道德之关系功利者，伴乎知识，恃有科学之作用。而道德之超越功利者，伴乎情感，恃有美术之作用，美术之作用有两方面，美与高是。”[26]意志与知识、情感三位一体，其中，意志是生命冲动的本源，知识与情感则是意志赖以实现的两翼。依此逻辑，情感不仅重要，而且恃有美术的作用，非科学所能支配；其支撑道德超越功利，便是成就了宗教。1919年蔡元培更径直提出“文化运动不要忘了美育”的警告。他指出，文化运动不注意借美育培养超越利害的情怀，保持平和心态，单凭个性冲动，将不免出现损人利己、放纵欲望以及急功近利好走极端的三种流弊。他甚至说：流弊已经出现了，“一般自号觉醒的人，还能不注意么？”“所以我很望致力文化运动诸君，不要忘了美育”。[27]1920年在《美术与科学的关系》中，蔡元培再次强调了人的情感生活的重要性。他说：常见专治科学的人，太偏于概念、分析与机械的作用，而情感生活索然无味，甚至陷入了病态。故欲“防这种流弊，就要求知识以外，兼养感情”。[28]为此，就是要兼治美术。有了美术的兴趣，不仅觉得人生很有意义，就是治科学的时候，也定然会增添勇敢活泼的精神。
