蔡元培也是位自由主义者，但相较之下，却是另一种气象。他同样不赞成马克思主义，但却支持北大学生成立马克思主义研究会，甚至亲临成立大会致辞。他自1913年留学德国后，很快便注意到了欧洲理性主义与非理性主义之消长，尤其是柏格森生命哲学的兴起（下文将具体谈到）。出任北大校长后，蔡元培利用访欧机会，曾登门拜访了倭铿（本想同时拜访柏格森，未成）。他邀请柏格森与倭铿讲学虽未成，却促成了倭铿推荐自代的杜里舒来华讲学。对于欧洲反省现代性思潮，他完全取开放的态度，积极去迎受它。他不仅自己节译有柏格森的《玄学导言》，而且在《五十年来中国之哲学》长文中对柏格森哲学有相当篇幅的介绍，并极力推荐柏格森与倭铿共同的学生张君劢介绍他们的学说：“他要是介绍两氏的学说，必可以与众不同。”如前所述，[40]蔡元培对年轻胡适的提携，人所共知；与此同时，他对梁启超、梁漱溟同样坦诚相待。他与梁启超合作组织“讲学社”，专门负责聘请西方学者来华讲学。所请杜威、罗素、杜里舒三人，不仅彼此学说各异，蔡元培本人对此也不尽认同，但是，他都一视同仁，盛情接待。[41]特别需要指出的是，在《五十年来中国之哲学》这篇长文中，蔡元培不仅对备受胡适等人责难的梁漱溟的观点作了具体的介绍，而且以这样的一段话，作为长文的结束语，尤具深意：“梁氏所提出的，确是现今哲学界最重大的问题；而且中国人是处在最适宜于解决这个问题的地位……梁氏所下的几条结论，当然是他一个人一时的假定，引起我们大家研究的兴趣的。我所以介绍此书，就作为我这篇《五十年来中国之哲学》的末节。”[42]蔡元培未必赞成梁漱溟的观点，但重要在于，他肯定了作者所提出的问题本身，“确是现今哲学最重大的问题”，具有助推动学术发展的重要价值。梁漱溟的成名作《东西文化及其哲学》，至今仍有重要的影响。足见当年蔡元培的远见与宽容，不仅支持了年轻的学者，而且助益了中国学术的发展。
说到底，蔡元培强调“思想自由，兼容并包”，并不意味着一定要赞成或接受不同的观点，而是强调要尊重思想的多元化和坚持学术发展的多样性统一。因之，它不单是一种识见，同时也是一种胸怀。[43]陈独秀在《蔡孑民先生逝世后感言》中，认为蔡元培在北大能做包容新旧派学者，实体现了最令人钦佩的品格：“这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制好同恶异的东方人中实所罕有：这是他老先生更可令人佩服的第二点。”[44]而唐德刚在《胡适杂忆》中对胡适反对蔡元培的“兼容并包”主张，则作了这样的评论：“胡先生由于牢固的科学观而示人以不广，他在中国新文化启蒙运动史中，就难免退处于蔡先生之下了。在‘兼容并包’的启蒙学风里，孑民先生是置身于‘兼容’之上的，而适之先生则局处于‘并包’之下了。”[45]所言甚是。正是从这个意义上说，笔者以为，蔡元培提出“思想自由，兼容并包”，其意义超出北大，为新文化运动指明了思想解放应有和更高的境界。
第三，坚持新文化运动的发展趋向在教育。
