北大改革的成功与蔡元培“思想自由，兼容并包”的办学理念分不开。蔡元培领导下的北大，不仅兼容了像陈独秀、胡适与辜鸿铭、刘师培这样新旧派的人物，而且兼容了不同学派的杰出学者。郑天挺说：“过去中国学术上流派很多。经学有今古文学派的不同，蔡先生同时聘请了今文学派的崔适……，也聘请了古文学派的刘师培；在古文字训诂方面，既有章炳麟的弟子朱希祖、黄侃、马裕藻，还有其他学派的陈黼宸、陈汉章、马叙伦；在旧诗方面，同时有主唐诗的沈尹默，尚宋诗的黄节，还有宗汉魏的黄侃；在政法方面，同时有英美法系的王宠惠，也有大陆法系的张耀曾。其他学科，同样都是不同学派兼容并包。”[27]此外，在课程建设上，则是兼容了中西。1922年蔡元培曾指出，北大历史可分三期：开办至1912年为第一期，办学方针是“中学为体，西学为用”，学校重旧学，西学“很有点看作装饰品的样子”；1912年至1917年为第二期，国体初更，百事务新，“大有完全弃旧之慨”学校重西学，虽然“也还是贩卖的状况”，中学却“退在装饰品的地位了”；1917年至今为第三期，学校不仅注重学术研究，“课程一方面，也是谋贯通中西”，即是真正体现了中西方文化的兼容并包。[28]
论者常谓，在当时陈腐的旧北大，蔡元培提出“思想自由，兼容并包”的思想主张，明显是为陈独秀等新文化的力量张目。这自然是对的，但是，若仅仅停留于此，便未免低估了它的意义。尽管蔡元培反复强调这是大学的通例和自己办学的理念，但实际上，它的意义超出了校园的范围，强调的乃是现代社会的普世价值。黄侃说：“余与孑民志不同，道不合，然蔡去，余亦决不愿留，因环顾中国，除蔡孑民外，变无能用余之人。”[29]其言耐人寻味。不仅如此，比较胡适与蔡元培对其时思想界分歧的不同态度，将更有助于我们理解这一点。
