蔡元培的改革卓有成效，北京大学面目一新，不仅成为了新文化运动的策源地，而且成为了新文化最重要的示范区，影响深远。顾颉刚说：“北大一天天地发皇，学生一天天的活泼，真可以说进步像飞一般快，一座旧衙门经蔡先生一手改造竟成为新文化的中心。”[17]冯友兰则将蔡元培领导下的新北大形象地比作新文化运动中的“一座灯塔”，以为她“使全国的人们看见了光明，认识了前途，看清了道路，获得了希望”。[18]他强调的显然是对全国的示范意义。这在梁漱溟，则叫开风气之先，他说：“五四”时期，“那新风气，就是喜欢谈思想，谈学术。报纸竞出副刊（如《学灯》之类），人们竞着结学社，出丛书，竞着办大学，请外国学者来中国讲学等等。始于文学、哲学，而归于社会问题、政治、经济。这种风气，怕无人能否认是自北大发动；而北大之所以如此，则民六以后蔡先生来主持的结果也”。[19]对于蔡元培改革北大的历史地位，著名的五四运动史专家周策纵的见解，十分精辟，他说：“蔡元培在国立北京大学由1917年（蔡于1月4日就职）开始推动的各种改革，其在‘五四运动’发挥的重要性，不下于陈独秀之创办《新青年》。”[20]将蔡元培在北大的改革与陈独秀创办《新青年》相提并论，既是肯定了前者的一大贡献，同时也从一个重要的方面，指出了他在新文化运动中的个性独具。
第二，提出“思想自由，兼容并包”的思想主张，为新文化运动指明了思想解放应有和更高的境界。
1918年11月蔡元培在《〈北京大学月刊〉发刊词》中，最早提出了这一思想主张。他指出，“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也”。各国的大学，无不学派林立，相反相成，如哲学之唯心论与唯物论，文学之理想派与写实派，经济学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，等等，“常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也”。中国承千年学术专制传统，喜欢一道同风，故外界对北大兼开中西课程，大惊小怪，实属误解。月刊的发布当有助于校外读者，“亦能知吾校兼容并收之主义，而不至以一道同风之旧见相绳矣”。[21]次年3月他在《致〈公言报〉函并答林琴南函》中，对自己的主张又作了进一步概括：“对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义。”[22]由于这封著名的公开信影响巨大，蔡元培的这一思想主张，也不胫而走。很显然，在蔡元培看来，“思想自由”与“兼容并包”是一个体用统一的有机体。前者乃天赋之人权，人人得以捍卫之权利，为原则、前提，即为体。故他强调，“个人思想之自由，则是临之以君父，监之以帝天，囿之以各种社会之习惯，亦将无所畏葸而一切有以自申”；[23]后者乃就个人对他者而言，为应然的主义与价值取向，即为用。它表现为对他人“思想自由”权利的尊重和对其思想主张的宽容，因为“万物并育而不相害，道并行而不相悖”。当然，这并不意味着蔡元培主张无原则的新旧调和，因为他说得明白：“无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。”[24]这即是说，包容的前提是在现代社会的层面上，仍不失其存在价值的思想与主张。“思想自由”并非鼓励谬种流传，所以他强调研究学问的“勇敢性质”，必须“由科学所养成”。[25]蔡元培对不听劝告，一味攻击辜鸿铭、刘师培的新潮派学生说：“我希望你们学辜先生的英文和刘先生的国学，并不要你们也去拥护复辟或君主立宪”，固然说明了这一点；他请巴黎华法教育会的同人帮助推荐法国专家来校讲学，“要求其资格第一条就是‘新党’，还有一条是‘热心教授中国人，而不与守旧派接近者”，[26]同样也说明了这一点。
