新文化运动虽肇端于1915年9月《青年》杂志的创刊，但它真正得以发舒，并进而掀起洪波巨澜，却是始于1917年初蔡元培出任北京大学校长并将陈独秀诸人及《新青年》引进学校。“五四”前的蔡元培，没有直接介入新旧派的论战，甚至也没有发表过直接表态支持新文化运动的文章；但他却顶住了旧势力攻击所谓“覆孔孟、铲伦常”所带来的巨大压力，勇敢地保护了陈独秀诸人。人所周知的蔡元培著名的分别致《公言报》和林琴南的公开信，以及他为保护陈独秀不惜拍案而起，反映了这一点。陈独秀说：“蔡先生自任校务以来，竭力扩充，而各方面之阻力亦日大，如安福俱乐部当权时，即无日不思与北大反对，蔡先生之精神力用之于对付反对者三分之二；用之于整理校务者，仅三分之一耳。”[1]胡适也说，自己在北大得到了蔡校长的大力支持：“他是一伟大的领袖，对文学革命发生兴趣，并以他本人的声望来加以维护”，[2]同样反映了这一点。也惟其如此，梁漱溟以下的论断便自有其合理性：“所有陈、胡以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未毕必能作；然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发舒。聚拢起来而且使其各得发舒，这毕竟是蔡先生独有的伟大。”[3]足见，“五四”前的蔡元培，其主要的贡献之一，便在于充当了新文化运动的庇护人。
值得注意的是，1920年初蔡元培在《新青年》上发表了著名的短文《洪水与猛兽》。他将新思潮即新文化运动形象地比作洪水，将军阀比作猛兽，以为中国现状可算是洪水与猛兽斗，“要是有人能把猛兽驯服了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了”。胡适在发表是文的“附记”中强调，这是“很重要的文字，很可以代表许多人要说而不能说的意思”。[4]罗家伦则称之为“光芒万丈的短文”。[5]笔者以为，是文公开号召支持新思潮以反对军阀，固属难能可贵；但它以洪水比喻新思潮的“洪水”论，同样值得重视。在蔡元培看来，新思潮似滔滔洪水，来势勇猛，把旧日的习惯冲破了；同时，犹如水源太旺了，泛滥岸上，难免冲毁了田庐。对付洪水，禹用导法，使归江河，结果不但无害，且得灌溉之利。对于新思潮，也不能湮，只能导，令其自由发展，自然有益而无害。蔡元培的“洪水”论，耐人寻味：既将新思潮比作洪水，他实际上便是预设了它难免有自己误区的前提；强调“来帮同疏导洪水”，很显然，他也不单是强调支持新思潮的自由发展，而是同时强调了积极引导的必要性。要言之，强调对新思潮即新文化运动要加以积极正面的引导，这是蔡元培“洪水”论的根本取向；从整体上看，它是“五四”后蔡元培推进新文化运动发展策略转变的重要思想表征。
“五四”后的蔡元培接连发表了诸如《新文化运动不要忘了美育》、《何谓文化》、《东西文化结合》等一系列的文章与演讲，就新文化运动如何进一步健康发展，直抒胸臆。这表明，蔡元培的角色正悄然发生了变化，即由庇护人进而转变为积极和正面引导新文化运动的“疏导洪水”者了。“五四”后，蔡元培对“洪水”即新文化运动的“疏导”，主要表现有三：
