综上所述，可以引出以下几点认识：
其一，蔡元培不仅是北大校长，而且有着晚清翰林、老同盟会员、民国首任教育总长等辉煌的经历，更缘人格魅力，享有崇高的声望。同时，他与陈独秀、胡适等新文化运动主持者间的关系，实在师友之间。因之，惟有他德高望重，既能承担起新文化运动庇护人的责任，也能实事求是，揭出著名的“洪水”论，成为新文化运动的“疏导”者。胡适诸人尊之为“伟大的领袖”，不是偶然的。
其二，蔡元培与陈独秀珠联璧合，既奠定了新文化运动以北京大学为依托、以《新青年》杂志为主要舆论阵地的发展格局，同时，也使自己独具个性的新文化抱负得以从容施展。从戊戌维新失败后，他便认定发展现代教育，培养革新人才，是振兴国家的根本出路。因之，他将推进新文化运动与自己的教育救国论相衔接，始终坚持“教育家最重要的责任，就在创造文化”、[1]“新文化之基础”在教育和“大学为最高文化中心”的信念，以大魄力、大手笔，致力于北京大学的改革。检阅此期蔡元培发表的文章与讲演，不难看出，他始终不曾离开教育问题，抽象地和孤立地谈新文化，谈科学与民主的精神。这不单是因校长的身份，更在于信念使然。论者多强调北大是新文化运动的策源地，这固然是对的；但却忽略了至少同样重要的另一面：蔡元培按照自己关于“文化是要实现的，不是空口提倡的”思想逻辑，将科学与民主的精神具体而微地体现在了北大成功的改革过程中，使之成为新文化最重要的示范区，或如冯友兰所说，成为引导全国人民的新文化运动的“灯塔”，对于新文化运动发展所具有的重大意义。北大在五四运动及其后中国近代思想解放运动中都发挥了先锋与模范的作用，已充分证明了这一点。而缘此，便不难理解，何以蔡元培力排众议，坚持新文化运动进一步的发展趋向，当在教育。要言之，在理论与实践的结合上，立足北大，发展教育，是蔡元培在新文化运动中的着力点，同时，与陈独秀诸人相较，也体现了他独具个性的思想进路。
其三，新文化运动，是一场伟大的思想解放运动。但是，也无须讳言，陈独秀等主持者在倡导科学与民主，激烈地批判旧思想旧文化的过程中，不免意气用事和存在情绪化的倾向，故其自身言行之有违科学与民主精神，也往往所在多有。在这种情况下，蔡元培提出“思想自由，兼容并包”的思想主张，其时代意义显然超出了学校的范围，而彰显了现代社会的普世价值。欧洲伏尔泰名言：“我不赞成你的观点，但我誓死捍卫你的发言权”，被公认是体现现代社会思想自由原则的典范。蔡元培的思想主张，就是要求打破一道同风、党同伐异的传统痼疾，真正尊重思想自由。它与伏尔泰的思想一脉相通，为其时的新文化运动提示了思想解放应有和更高的境界。在改革开放的今天，蔡元培这一思想主张又重新被人关注和肯定，这是可喜的；但是，其意义似乎仍然只被限于学术与学校的范围，而未能理解它所提示的是现代社会思想解放应有和更高的境界。这是令人遗憾的。
