可以说，蔡元培也正是从自己的宗教观入手，系统阐述了与陈独秀诸人大相径庭的对人类的意志、知识、情感、道德的见解，从而使自己反省现代性的观点愈显鲜明。他说：“真正之宗教，不过信仰心。所信仰之对象，随哲学之进化而改变，亦即因各人哲学观念之程度而不同。是谓信仰自由。”[39]这即是说，所谓宗教，归根结底，是人们对于某一哲学观念的信仰；哲学观念既是进化变动的，人们的信仰自然也是多元与多变即自由的。也因是之故，现在有仪式信条的宗教将来定然被淘汰，但是，对作为以哲学观点为信仰对象的宗教，却是不应该也不可能被取消的。所以，蔡元培反问陈独秀等主张取消宗教者：“虽然，宗教之根本思想，为信仰心，吾人果能举信仰心而绝对排斥之乎？”宣称“上帝死了”的尼采，号称反对宗教，但其所主张的“意志趋于威权”说，[40]不正是其所信仰，且成为本人与信徒共同的宗教思想？他特别声明：上述关于宗教的定义，“是孑民自创之说也”。[41]蔡元培关于宗教的定义是否精当，自可讨论；但他强调宗教思想根于人类的“信仰心”，随科学发展，宗教的迷信成分将逐渐被淘汰，但要简单宣布全然取消宗教却是不可能的，这显然有它的合理性。缘是以进，他关于人类意志、情感、知识的见解，更显精彩。蔡元培指出，以信仰为核心的宗教，既是道德的究竟，更是人类情感与意志的外烁；故对宗教的尊重，说到底，就是对人类精神家园的尊重。人的心理构成，包含意志、情感、知识三大要素。欲避免现代性的误区，必须正确理解三者的有机统一：意志的表现是行为，属于伦理，知识属于各科学，感情则属于美术。人是行为主体，但行为断不能离开知识与情感而独立。例如，要走路，必先探明路线，这是需要有走路的知识；而没有走路的兴会即热情，就永远不会去走或走得不起劲。由此可见，人类行为的正确性，实赖知识与情感的均衡协调，二者不容偏枯。[42]由于蔡元培的本意在反省现代性，所以他特别强调了人类情感之不容漠视。他说：“人是感情的动物，感情要好好涵养之，使活泼而得生趣。”[43]在西方科学发达的国家，所以有许多人抱厌世主义，甚且演成自杀，原因即在于偏重科学，情感偏枯：“此单重智识不及情感之故，纯注意科学之流弊也。”[44]
