应当说，蔡元培对于科学重要性的认识，与陈独秀诸人并无二致。1915年他就《科学》杂志出版，致书任鸿隽说，“欲救民族之沦胥，必以提倡科学为关键，弟等绝对赞同”，并表示自己参与创办的《学风》杂志，“其内容即以科学、美术为中坚”。[25]他同样强调在国人普遍缺乏科学常识的情况下，宣传科学思想是第一要务：“现在中国人多不知科学为何物，最要先输入科学思想。”[26]但是，蔡元培对于“科学万能”论并不认同。[27]他在致陈独秀的信中说：“科学发达以后，一切知识道德问题，皆得由科学证明，与宗教无涉”，理有固然；但科学仍然有自己“所不能解答之问题，如宇宙之无涯涘，宇之无终始，宇宙最小之分子果为何物，宇宙之全体为何状等是”，[28]对这些问题的研究，便须归于哲学。蔡元培留学的专业正是哲学。他进一步指出，哲学发展演变有三：一是各科哲理，如数理哲学、生理哲学等；二是综合各种科学，如自然哲学等；三是玄学。它一方面基于各种科学所综合的原理，另一方面又基于哲学史所包含的渐进的思想，对于这方面所未曾解决的各种问题，提供新的说明。“如别格逊（柏格森）之创造的进化论其例也”。因之，哲学既以科学为基础，同时又成科学的归宿。科学不可能代替哲学，二者只能相辅相成：各科哲学与综合各种哲学，尚介乎科学与哲学之间，“惟玄学始超乎科学之上，然科学发达以后之玄学，与科学幼稚时代之玄学较然不同，是亦可以观哲学与科学之相得而益彰矣”。[29]这与陈独秀诸人视哲学为空言无益，主张“以科学代哲学”的观点，显然是针锋相对的。不仅如此，蔡元培对包括陈独秀等人在内的“科学万能”论者，将人当成了物质，相信人事的一切都同样遵循物质界自然法则，从而抹杀了人类的自由意志与个性，尤为不满。他说：“人是何等灵变的东西，照单纯的科学家眼光，解剖起来，不过几根骨头，几堆筋肉。化分起来，不过几种原质。要是科学进步，一定可以制造生人，与现在制度机械一样。兼且凡事都逃不了因果律，……竟没有一点自由。就是一人的生死，国家的存亡，世界的成毁，都是机械作用，并没有自由的意志可以改变他的。抱了这种机械的人生观与世界观，不但对于自然竟无生趣，对于社会毫无爱情，就是对于所治的科学，也不过‘依样画葫芦’，决没有创造的精神。”[30]所论可谓入木三分，恰与梁启超的以下批评，异曲同工：“总之，在这种人生观底下，那么千千万万人前脚接后脚的来这世界走一趟住几十年，干什么呢？独一无二的目的就是抢面包吃，不然就是怕那宇宙间物质运动的大轮子缺了发动力，特自来供给他燃料。果真这样，人生还有一毫意味，人类还有一毫价值吗？”[31]在反省现代性的问题上，蔡元培与梁启超诸人趋同，而与陈独秀诸人立异，于此可见一斑。
其三，关于人类的意志、知识与情感。
