新文化运动的根本取向在追求现代性，它在中国具有巨大的历史合理性，毋庸置疑。但是，问题在于，缘东西方时代的落差，在国人效法西方近代文明，致力于追求现代性之时，欧洲也进入了自己“重新估定一切价值”的时代，反省现代性思潮正应运而起。因之，如何处理二者的关系，实际上成为了新文化运动主持者们必须面对的课题。胡适对柏格森的生命哲学嗤之以鼻，不予重视。陈独秀不像胡适，没有公开贬抑柏格森为代表的生命哲学及其反省现代性，但他强调国情不同，其学说不适合于中国。1917年初他在《答俞颂华》中说：“近世欧洲人，受物质文明反动之故，怀此感想者不独华、爱二氏。其思深信笃足以转移人心者，莫如俄国之托尔斯泰，德国之倭铿。信仰是等人物之精神及人格者，愚甚敬之。惟其自身则不满其说，更不欲此时之中国人盛从其说也（以中国人之科学及物质文明过不发达故）。”[5]陈独秀强调自己虽然对托尔斯泰、倭铿等反省现代性者的信仰与人格表示敬意，却并不赞成他们的主张，尤其反对中国推行此种理论，原因就在于国情不同，“以中国人之科学及物质文明过不发达故”。陈独秀重视国情，并注意到了对于欧洲现代思潮的自觉选择。这显然有它的合理性。但是，他终究缺乏兼容并包的胸怀，同样简单地拒绝了反省现代性的视角。蔡元培则不同。他在看过《青年》杂志后，决意与陈独秀联手，说明他对新文化运动追求现代性的根本取向是认同的；但这并不影响他主张积极吸纳反省现代性的某些合理内核，并将此一视角引入新文化运动。缘是，蔡元培兼具了新的思想支点，其与陈独秀、胡适间的思想分歧，便成了不可避免。
耐人寻味的是，1917年2月，即出长北大不到两个月，蔡元培即有致陈独秀长信，指出：《新青年》所载自己的一次讲演，“其中大违鄙人本意之点，不能不有所辩正”。实则，所谓“大违鄙人本意之点”，涉及的恰恰就是他就意志、道德、情感、宗教的内在关系问题，所阐述的有关反省现代性的一些重要观点。例如，关于何谓“意志”，蔡元培说：“近世哲学家谓人类不外乎意志。不惟人类，即其他一切生物及无生物，亦不外乎意志。婴儿之吸乳，植物之吸收养料，矿物之重量，皆意志也。”[6]这正是柏格森哲学关于宇宙万物的生命冲动与自由意志的基本观点。此外，他特别指出，《新青年》记者尤其将讲话中一个重要的标题“美术之作用”，误写成了“知之作用”。蔡元培讲美术的作用，本意于强调情感，以避免现代性偏重知的流弊。这个误记既说明了记者没能真正理解蔡元培的讲演，同时，也说明了彼此观点之差异，正在于现代性与反省现代性之间。陈独秀在简短的回函复中表示：“记者前论，以不贵苟同之故，对于先生左袒宗教之言，颇怀异议，今诵赐书，遂尔冰释。甚愿今后宗教家，以虚心研求真理为归，慎勿假托名宿之言，欺弄昏稚。”[7]语涉游移。事实证明，在很长的时间里，陈独秀依然故我。这说明，合作伊始，两人在反省现代性问题上的思想分歧，便已存在了。
具体说来，蔡元培与陈独秀、胡适的思想分歧，集中于以下几个方面：
其一，关于“功利”论。
