第一章从家庭及时代因素探讨钱玄同早年思想形成及发展。初时，钱玄同接受系统的经学教育，倾向今文经学，并受到复古思想的影响，政治上尊崇清王朝。1903年后，在革命形势的影响下，钱玄同开始由旧学向新学，由尊清向反满革命的转变。其思想转变的内在原因是民族主义，在转向革命的初期，钱玄同受到革命派中的国粹主义思想影响。
第二章论述辛亥革命前后钱玄同的无政府主义思想、保存国粹思想和经学思想。这一时期，钱玄同投身辛亥革命。在政治上，排满革命思想进一步发展，接受了民主主义和无政府主义。在文化问题上，钱玄同保存国粹的思想进一步系统化，提出了“师古、存古、复古，但不泥古”的主张。在经学上，钱玄同反对古文经学而赞同今文经学，其思想经历了从“颇宗今文”到“专宗今文”的发展过程。
第三章论述新文化运动时期钱玄同的文学革命思想和思想革命主张。新文化运动初期，钱玄同对文言文、旧文学、旧艺术和以三纲五伦为核心的儒家思想作了激烈的批判。他支持胡适倡导的白话文运动，从多方面阐述使用白话文的必要性，对于运动的成功起了重要的独特的作用。他还试图以废汉文的方式来彻底斩绝旧文化中的弊端。钱玄同这一激进思想的产生既是外部形势刺激的结果，也是其自身思想发展所使然。钱玄同虽态度激进，但并非全面反传统，他对传统中的优秀成分始终给予积极的肯定。
第四章论述新文化运动时期钱玄同的自由主义思想、疑古思想、学习西方思想、汉字革命思想。五四运动之后，新文化运动的领导核心《新青年》同人在改造社会的方案和手段上发生分歧，新文化阵营破裂。钱玄同在马克思主义与自由主义二者之中，倾向于自由主义。他坚持启蒙，并对自己前一时期的偏激主张进行反思。在对待传统的问题上，钱玄同继续已经开始的批判，并将焦点集中在经学领域，倡导疑古，成为疑古学派的中坚。在对西方文化的问题上，钱玄同主张全面向西方学习，并在与东方文化回潮的斗争中，将这一主张发展到极端的“全盘承受欧化”论。这一时期钱玄同所积极倡导并付诸实践的以创制国语罗马字为中心的汉字革命，则是钱玄同批判传统，学习西方思想在文字改革问题上的体现。
第五章论述钱玄同的晚年思想。钱玄同晚年在政治上始终坚持自由主义，他主张思想自由、教育价值中立。但在专制压力下，钱玄同逐渐成为书斋中宁静的学者。在九一八事变后日益加剧的民族危机中，钱玄同反对日本侵略，并在北平沦陷后，拒绝伪聘，保持民族气节。在文化观上，钱玄同晚年文化关怀的重点有所变化，由注重对传统中消极因素的批判，转变为注重对传统文化中积极成分的挖掘和肯定，并在融合中西文化上作出成绩。在经学研究上，钱玄同继续坚持疑古精神，提出对今文经的怀疑和打破今古两家学派的解经思想。
附录部分是对一些在正文中没有展开的内容所做的进一步研究。具体讨论钱玄同与鲁迅、刘师培的思想交往，近代墨学复兴对钱玄同的影响和钱玄同对1922年非宗教运动的态度和认识等，并对在钱玄同研究中最常使用的资料黎锦熙先生所著之《钱玄同先生传》做出三点考证。
