这一时期，钱、刘二人可以说是思想上的同调。不过，仔细分析，二人思想也有一定的不同。就如何对待中国传统文化而言，钱、刘二人都是保存国粹主义者，他们都想通过弘扬国粹，反满革命，振兴中国学术、文化，应对西方文化挑战，但二人在对待国粹的核心——儒学的认识上则有所不同。钱玄同在早年就接受了今文经学，而刘师培则倾向古文经学。“今文”、“古文”是儒家经典的不同统绪，其最初的差别是经的文字、来源和篇数的不同，后来因学术政治的原因，今古之争逐渐涉及经书的解释、经书中核心人物孔子的解释以至于治经的宗旨等问题，并形成今文和古文学派。今古文之争，从西汉末年到东汉末年几达二百年之久。清代，汉学复兴，先是古文兴盛，后是今文复兴。钱玄同不赞成刘师培的论经著作。他在晚年写道：“余对于刘君论经之文，如《中古文考》（《外集》卷一）、《中庸说》、《中庸问答》（卷二）、《春秋原名》（卷三）、《汉代古文辨诬》（卷四）、《论孔子无改制之事》（卷五）等，及《国学发微》、《汉宋学术异同论》、《经学教科书》中斥宋元明儒（案，原缺四字）者，皆不谓然。”[22]
经学观点的不同，在一定程度上影响了刘师培和钱玄同二人后来的思想走向。近代今文学的兴起在思想史和学术史上都是具有重大意义的一件大事。钱玄同曾对近代今文学运动评价道：“我认为为一百年来的‘今文学运动’是咱们近代学术史上一件极光荣的事，它的成绩有两方面：一是思想的解放，一是伪经和伪史料的推翻。”[23]梁启超在《清代学术概论》中也用大量篇幅论述今文学的兴起的思想解放意义。对于今文学在近代历史上起的积极作用，周予同先生的论述较为系统，他认为在近代中国的新、旧两种历史观与今、古文学有直接的联系：
一种以为中国古代的文化在尧、舜或尧、舜以前已经十分灿烂，以后不仅无进步，而且从春秋、战国以来，每况愈下。这派姑名为旧派，他们以“黄金时代”在古代已经实现过，所以略带有悲观的、复古的色彩。一种以为中国古代文化的灿烂期，不在孔子所叙述的尧、舜，而在诸子争鸣的春秋、战国时候，以后虽受专制政体的影响而没有长足进步，但今后努力奋振，不见得没有相当的希望。这派姑名为新派，他们相信人类社会都是逐渐发展，中国也不能例外，所以比较的带有乐观的、革新的色彩。我敢武断地说一句，这两派观念的不同，实在受经学上今古文的影响。前一派——旧派——一如古文家，相信孔子所描绘的尧舜时期的文明是真的，相信《周礼》是周公治天下已实行或计划的制度。而后一派——新派——则采取今文家的态度，以为古籍上尧舜时期文化的描写完全是孔子“托古改制”的宣传手段，和老、庄之托于太古，许行之托于神农，墨翟之托于夏禹，是一样的把戏，至于《周礼》至早也是战国时候的理想的作品，决不是什么周公的著作。他们更由此进一步而推翻古代一切的传说。[24]
这一段话，对于理解经学对近代思想家和学人的思想变迁，具有启发意义。可以说，刘师培和钱玄同在经学思想上的不同，在一定程度上影响了二人后来思想学术发展的方向。[25]
