由于非宗教运动的刺激，钱玄同对新文化运动的思想方法做了进一步思考。1922年4月8日，钱玄同致书周作人，这封信可以说是研究五四新文化运动的重要文献。信是由讨论如何对待陈独秀的来信而开始的，钱玄同表示，不必将陈的来信和周的复信发表。接着，钱玄同写道：“我近来觉得改变中国人的思想真是唯一要义。中国人‘专制’、‘一尊’的思想，用来讲孔教，讲皇帝，讲伦常……固然是要不得；但用它来讲德莫克拉西、布尔什维其、马克思主义、安那其主义、讲赛因斯……还是一样的要不得。反之，用科学的精神（分析条理的精神），容纳的态度来讲东西，讲德先生和赛先生等固佳，即讲孔教，讲伦常，只是说明它们的真相，也岂不甚好。我们从前常说‘在四只眼睛的仓神菩萨面前刚刚爬起，又向柴先师的脚下跪倒’，这实在是很危险的事。我在近一年来时怀杞忧，看看‘中国列宁’的言论，真觉害怕，因为这不是布尔什维其，真是过激派，这条‘小河’一旦洪水横流，泛滥于两岸，则我等粟树，小草们实在不免胆战心惊，而且这河恐非贾让能治，非请教神禹不可了。”[177]中国的列宁，指的是陈独秀。在这里，钱玄同提出改变思想方法，可以说是一个在中国近代思想史上极有价值的思想。
从包容、科学的思维方式出发，钱玄同在这封信中讨论了五四以来的新旧之争问题。五四新文化阵营的思想家基本上（不是全部）都把新与旧截然对立，视为完全不同的两极。如陈独秀就在《本志罪案之答辩书》中明确宣言：“要拥护那德先生，便不得不反对孔教、礼法、贞节、旧伦理、旧政治；要拥护那赛先生，便不得不反对国粹和旧文学。”[178]作为新文化阵营中的一员，钱玄同也是如此，他认为，“要打破矛盾的生活，除了征服旧的，别无他法”。[179]，他为推行新剧而主张废除旧剧，为向西方学习而要将中国书一概束之高阁，甚废除汉字。五四后，钱玄同对自己的激进态度开始反思。他在1920年10月致胡适的信中说：看见自己《新青年》的旧作，“辄觉渐汗无地”。[180]现在，面对汹涌而来的非基督教运动，他对这一问题的认识更加深入了。如何对待传统与现在的关系？这一问题在五四新文化阵营中，几乎是不存在疑问的问题，现在却是值得思考了。
钱玄同关于新、旧问题的新认识是通过对沈尹默的评论而体现的。钱玄同在4月8日致周作人的同一封信中继续写道：“他近来的议论，我颇嫌他过于‘笃旧’，不甚赞成。但我以为这完全是他的自由，应该让他发展。况且他对于‘旧’是确有心得的，虽他自己的主张似乎太单调了，但我还觉得他今后的‘旧成绩’总有一部分可以供给‘新的’，为资料之补充。我们以后，不要再用那‘必以吾辈所主张者为绝对之是而不容他人之匡正’的态度来作訑訑之相了。前几年那种排斥孔教，排斥旧文学的态度狠应改变。若有人肯研究孔教与旧文学，鳃理而整治之，这是求之不可得的事。即使那整理的人，佩服孔教与旧文学，只是所佩服的确是他们精髓的一部分，也是狠正当，狠应该的。但即使盲目的崇拜孔教与旧文学，只要是他一人的信仰，不波及社会——波及社会，亦当以有害于社会为界——也应该听其自由。”[181]这里，钱玄同超越了他自己以及新文化阵营其他思想家把旧完全对立的思维方式，认识到旧事物中有精髓的成分，科学地看待新旧关系，以包容的态度、全面的、辩证的方法看待新与旧的关系。当然，这种包容并不是完全地排斥斗争，此后的钱玄同对传统思想继续批判就说明了这一点。可以说，钱玄同对新文化运动的反思，并不是方向性的转变，而是对其所提倡科学民主精神的一种深化。[182]
