陈独秀的观点难以说服五教授，但非基督教一方的观点和态度，却引起了钱玄同的思考。当时，非基督教一方是以五四新文化运动的继承者身份出现的。陈独秀，这一新文化运动的领袖，周作人和钱玄同的昔日《新青年》的同人，此时的非基督教运动的领导人，就以周、钱背叛了新文化精神而加以批驳。他在4月21日的再致周作人的信中这样说：“倘先生们主张一切思想皆有不许别人反对之理由，若反对他便是侵犯了他的自由，便是‘日后取缔信仰以外的思想的第一步’，那么先生们早已犯过这种毛病，因为好象先生们也曾经反对过旧思想，神鬼、孔教、军阀主义、复辟主义，古典文学及妇人守节等等，为什么现在我们反对基督教，先生们却翻转面孔来说，这是‘日后取缔信仰以外思想的第一步’呢？”。[173]是啊，反对旧思想，神鬼、孔教、军阀主义、复辟主义，古典文学及妇人守节等的确是陈独秀、钱玄同、周作人在五四时从事的事业。这里，显然，陈独秀是把非基督教运动视为与新文化运动反旧思想，神鬼、孔教一样的事业或者就是新文化运动的继续。事实上，从反孔教到反基督教，到反对一切宗教，他们之间也确实存在联系。[174]这样，反对非基督教运动的周、钱也必须回答这样的问题，怎样看待新文化运动，怎样看待新文化运动中自己和昔日战友的所为和所思？
其实，在五四**过后，钱玄同就开始了对新文化运动的反思。1920年钱玄同在给周作人的一封信中说：“仔细想来，我们实在中孔老爹‘学术思想专制’之毒太深，所以对于主张不同的论调，往往有孔老爹骂宰我，孟二哥骂杨、墨，骂盆成括之风。其实我们对于主张不同之论调，如其对方面所主张，也是二十世纪所可有，我们总该平心静气和他辩论。我近来很觉得要是拿骂王敬轩的态度来骂人，纵使所主张新到极点，终之不脱‘圣人之徒’的恶习”。[175]骂王敬轩是钱玄同与刘半农为批判传统思想而演出的双簧，采用的是嬉笑怒骂，而非严肃的平等的讨论问题方式。钱玄同对自己的这一做法的反思，反映了他认识的深入。中国传统文化，素来缺乏包容精神，孔子骂宰我，孟子辟杨、墨都是如此。汉以后，在国家意识形态的层面采取了罢黜百家、独尊儒术的做法，影响了后来两千余年中国历史的发展。主张把一种思想定为一尊，而缺乏对异己的包容，也就逐渐成为中国人的一种思维定式和思想方法。如同王元化先生指出的那样，“思维模式和思维方式，是比观点更具有稳定性和持久性的东西。它在相当长时间内，不会随着时代的不同和社会条件的更易而变化，因此成为文化传统的一个重要基因”。[176]新文化运动时期，陈独秀采取“必以吾辈主张为绝对之是而不容他人之匡正”的态度，批判旧文学，而现在又以“向强者献媚”抨击五教授，不包容对非宗教运动的不同意见和思想，不与之做公平的讨论，虽然面对的是不同的问题和对象，前者是批判阻碍中国前进的旧思想、旧文学，后者是要打倒与西方列强侵略中国有联系的基督教，但其思想方法和思维模式却是完全一致。陈独秀对待旧文学的态度，钱玄同曾绝对赞成，即使是稳健的胡适也认为这一态度对于文学革命的迅速成功有重要的意义。应该承认，这一激进的态度对于改革是有积极意义的，但是，在这一态度中的思想方法却存在严重问题。一个人或一个组织，如果认为自己完全掌握了真理，以真理的代言人自居，不许有相反意见存在和反驳，这样势必会限制思想自由的空间，破坏学术自由、思想自由，势必导致专制主义。古今中外的历史发展已经证明了这一点。钱玄同对新文化运动的主张者（包括他自己在内）的思想方法的反思的意义也在于此。
