钱玄同在新文化阵营分裂后，继续站在自由主义的立场上。他在1921年6月给周作人的信中说道，“布尔什维其颇不适用于中国。何也？因为社会压迫个人太甚之故。中国人无论贤不肖，以众暴寡的思想，是很发达的”。[169]不过，他从思想自由的观念出发，并不反对他人宣传社会主义。[170]钱玄同在辛亥时期，就曾经接触过马克思主义，他对马克思主义是有一定了解的。从本质上说，马克思主义与个性解放并不矛盾，社会主义是建立在民主之上的，只有经过民主的洗礼，个性的解放，对资本主义的扬弃，才能实现那种人与人自由联合的共同体——共产主义。在20世纪20年代，钱玄同认为中国的个人远没有从社会的压迫中解放出来，他不赞成在中国马上实行俄国式的无产阶级专政、苏维埃式民主，其主要原因有前文所说的中国自由主义没有得到发展以外，还有他认为中国人程度不够。[171]基于这样的认识，在新文化阵营分裂后，钱玄同所继续关注的是如何改造中国的社会，如何启蒙，如何实现个人的解放和自由。所以，他对于一切能导致个人自由丧失的事件非常警觉，非宗教运动虽然针对外国资本主义，但用大规模的群众运动反对宗教，势必给个人的信仰自由造成威胁，如果宗教信仰自由可以随意破坏，那么，其他的思想自由也可以随意破坏。因此，钱玄同等人并不是站在维护宗教的立场上反对非宗教运动，而是站在保护思想自由的立场上，来反对和防止由此而来的对一切思想自由的干预和破坏。
在与陈独秀的争论中，周作人提出的“思想自由的压迫不必一定要用政府的力，人民用了多数的力来干涉少数的异己，也即是压迫”的观点，与此前钱玄同的思考是一致的，代表了钱玄同的思想。民主尊重多数人的意见，但更强调保护少数人。无论来自政府，还是来自社会的外在强力，都会对个人自由造成伤害。陈独秀当时没有认清这一问题，他在大革命失败后的经历，促使他在民主与自由问题上有了新的认识，他经过长时间反思，晚年在四川江津对民主问题做了深刻的思考，那已经是近二十年后的事了。
其实，就非宗教运动所提倡的反对帝国主义而言，钱玄同等人并不反对，这从他后来在五卅运动中发表的《关于反抗帝国主义》一文中可得到充分证明。周作人后来对此也有解释，他针对1924年后再次兴起的反对宗教运动说：“现在来反对基督教，只当作反帝国主义的手段之一，正如不买英货等的手段一样，那可是另一问题了。不买英货的理由，并不因为这是某一种货，乃是因为英国的货，所以不买，现在反对基督教的运动如重在当作反帝国主义的手段，并不因为是宗教的缘故而反对他，那么非宗教的意见虽仍然在，但这里却文不对题，一点都用不着了。”[172]
二、反思新文化运动思想方式
