我们不是任何宗教的信徒，我们不拥护任何宗教，也不赞成挑战的反对任何宗教。我们认为人们的信仰，应当不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外。信教自由载在约法，知识阶级的人应该首先遵守，至少也不应该首先破坏，我们因此对于现在非基督教、非宗教同盟的运动，表示反对。特此宣言。[162]
钱玄同与其他四人反对非宗教运动的原因，在上面一段文字中表达得非常明确，就是担心信仰自由和思想自由被破坏。[163]五教授的《主张信教自由宣言》发表后，立即遭到非宗教阵营的批判和攻击。4月2日，陈独秀致函周作人、钱玄同等，认为《宣言》“殊难索解”，提出无论何种主义学说皆应许人有赞成与反对之自由，认为“私人的言论反对，与政府的法律制裁不同，似乎也说不上什么‘干涉’、‘破坏’他们的自由”。对运动中极端和激烈的态度，陈独秀认为“青年人发点狂思想、狂议论似乎算不得什么”，对于周、钱等人主张信教自由，陈独秀认为“基督教有许多强有力的后盾，又何劳公等为之求自由？”并劝五教授是“勿拿自由、人道主义许多方面礼物向强者献媚”。[164]6日，周作人答复陈独秀，说“我们承认这回对于宗教的声讨，即为日后取缔信仰以外思想的第一步，所以要反对。这个似乎杞忧的恐慌，不幸因了近日攻击我们的文章以及先生来书竟证实了；先生们对于我们正当的私人言论反对，不特不蒙‘加以容许’，反以恶声见报，即明如先生者，尚不免痛骂我们为‘献媚’，其余更不必说；我相信这不能不说是对于个人思想自由的压迫的起头了”。“思想自由的压迫不必一定要用政府的力，人民用了多数的力来干涉少数的异己者也即是压迫。”[165]周作人同时发表《思想压迫的黎明》一文，文章以我们开头，代表钱玄同等四人的观点，文章写道：“我们主张信教自由，并不是拥护宗教的安全，乃是在抵抗对于个人思想自由的威胁，因为我们相信这干涉信仰的事情为日后取缔思想的第一步。……中国思想界的压迫要起头了。中国的政府连自己存在的力量还未充足，一时没有余力来做这些事情，将来还是人民自己凭藉了社会势力来取缔思想。……所以我希望以保护思想自由为目的的非宗教者，由此也得到一点更深切的反省。”[166]21日，陈独秀再致周作人，不同意周作人的“干涉信仰的事情为日后取缔思想的第一步”的观点[167]，五教授未再作答，双方争论由此告终。这一论争时间很短，也没有引起太多的交锋，但仔细思考，它却涉及了近代中国一些重要思想问题。
就近代而言，中国人的主要历史任务一是实现民族独立，一是实现民主，进而为中国的富强繁荣开辟道路。孙中山的三民主义首言民族和民权，就说明了这一点。民主主义以追求个体本位价值为基本内涵，而民族主义则以追求集体本位价值为目标。非宗教运动，以反宗教为媒介，高扬民族主义旗帜，对于反帝爱国，有其历史意义，正是这种民族主义抓住和吸引了广大青年学生的心，而使他们积极地参加运动。[168]但基督教毕竟是一种信仰，与帝国主义、资本主义并非一物，不能简单视为等同。不加分析地发动大规模的群众运动，以造成舆论，去声讨一种信仰，势必妨害信仰自由。且运动的主张者不包容不同的意见，不与之做平等的讨论，更是有违思想自由的精神，无疑是对新文化运动以来提倡的思想自由的损害。启蒙与救亡，自由主义与民族主义，在近代中国显示出矛盾的一面。在这一问题面前，钱玄同、周作人等更强调新文化运动以来的自由主义传统，而陈独秀等已经走上革命道路的知识分子则更注重反对帝国主义的民族主义一面。他们之间的这一矛盾在新文化阵营的分裂就已经显示出来了，只是这次非宗教运动，让他们直接站到了对立的双方。
