1927年，诺伊斯(Noyes)教授代表加利福尼亚理工学院邀请科南特加入，此时该校正在努力成为一所重视高质量研究的学院。科南特此时如果离开哈佛，唯一的理由是可以增加自己研究的机会，并能体验德国聘请实验助理的方法。
此时，科南特在哈佛还只是有机化学领域内的初级教授，很少有优秀毕业生会选择科南特来指导他们做博士研究。但是如果他去了加利福尼亚理工学院，他可以成为有机化学领域内的教授，所有在这一领域内的博士候选人都会选择科南特来做导师，他可以拥有大量的研究生，并且可以体验德国聘请研究助理的方法。
此外，加利福尼亚理工学院还同意为科南特提供往返哈佛和加利福尼亚理工学院的费用，并且每年为科南特在加利福尼亚理工学院的实验室提供一笔可观的科研经费。诺伊斯询问了科南特关于加利福尼亚理工学院建立有机化学实验室和设备的事情，但是当科南特提出想增加一笔预算用来聘用两到三名已经获得博士学位的助手时，诺伊斯却根本不赞成这一提议，并且认为科南特聘请研究助理的想法几乎是要发了狂。
当科南特与之前离开哈佛去了伊利诺伊州的罗杰斯·亚当斯(RogerAdams)讨论聘请研究助理的想法时，他也不支持科南特的做法。亚当斯曾经在柏林获得博士学位，他同意科南特对德国教授科研成果丰富原因的分析，但却断定在美国没有教授能模仿这一做法。科南特的另一位朋友米利根(Millikan)则告诉科南特更具体的原因，即美国教授使用资金的方式：教授发表的大量论文所需的实验都是由博士生来完成，这是博士生完成博士论文的一部分，博士生的补贴来源于教学基金。米利根告诉科南特，用来聘请科研助理的经费如果投入在教学基金上来招收博士生，则可以获得两倍的人手。科南特对这一说法并不信服，他认为，如果想要像德国化学家那样多产，那么教授需要的不是博士生，而是训练有素的博士学位助理。①
当时，校长罗威尔知道科南特打算离职的事情，并与科南特进行了面谈，他认为科南特离开哈佛去一所不出名、财务状况也并不明朗的学校是不明智的(实际上，科南特的岳父也如此认为)。校长罗威尔此时给科南特讲述了自己担任校长这一职务的原因。他说，接受一所大学的校长职位，就像是结婚，除非自己相爱了，否则就不要接受。他的先辈们为哈佛大学做了大量工作，他同意接受校长一职是由于他爱这所学校，他认为，哈佛的确需要巨大的变革。当时，科南特认为这些叙述与他们本来要讨论的问题，即是否接受加利福尼亚理工学院的职位的问题似乎毫无关系。
校长罗威尔和科南特都希望能避免讨价还价，而是讨论一些其他问题。几天后，化学系主任克里夫特·摩尔(CliffordMoore)和科南特谈论得更为具体，他向科南特提供了一年的研究预算，科南特婉言谢绝了，并告诉摩尔，加利福尼亚理工学院提供的预算非常多，他必须接受这一邀请。摩尔说：“我明白，如果哈佛提供的经费是某某数(增加了好几万元),你就会留在哈佛。”“是的。”科南特回答。摩尔说：“但那会导致讨价还价，而你现在还在哈佛任职。”科南特表示同意。摩尔表示，如果科南特留在哈佛，会成为正教授(fullprofessor),并且薪水增加一千美元。最终，科南特答应留在哈佛。
科南特最后把留在哈佛的决定告诉了加利福尼亚理工学院的诺伊斯。几年以后，当大萧条来临时，由于未向科南特提供研究经费，而使加利福尼亚理工学院节约了一笔开支。而哈佛方面实际提供的资助与加利福尼亚理工学院提供的资助相当，科南特使用这些经费招聘了一些博士来进行叶绿素结构的研究。这些博士训练有素，达到了科南特的预期目的。①
在科南特看来，他的导师理查德教授在19世纪90年代大部分是依靠自己亲自做试验建立了自己的国际声望。同样，科勒在布尔茅尔学院(BrynMawrCollege)也是依靠个人研究发表了诸多论文，最终能来到哈佛，他一直在实验室单独做试验，直到他去世。此外，在当时理查德教授拥有自己的实验室，他从亲自做试验转而领导研究生来进行。科南特认为，自己是美国第一个依靠研究助理来进行研究的有机化学家。几十年后，科南特当年的这一做法成为了美国许多大学的标准做法。
科南特在哈佛全身心地投入教学和科研。1931年，科南特当选为哈佛化学系主任。1916～1933年，科南特编著和与人合著了五部化学教科书，在杂志上发表了几十篇论文，在自然物质化学和物理化学、有机化学方面获得了国际声誉，被同事誉为科学天才，并获得了美国最佳有机化学家的奖项：美国化学协会的尼科勒斯奖(NicholsMedal)、哥伦比亚大学钱德勒奖(ChandlerMedal)以及其他美国科学学术团体的奖项。
