1933年的美国大萧条同样影响了哈佛的财政情况，学校开始考虑削减一些预算，包括一些科学计划、图书馆服务和体育项目的开支。但是哈佛并没有像其他一些高校一样，削减教师的薪金。在随后的几年中，美国的经济状况继续恶化，银行倒闭，大量人员失业，许多大学大幅削减预算，家庭补助减少，越来越多的学生感到难以支付他们的账单，学校遇到大量的本科生出现财政问题。1931～1932学年，难以负担子女费用的家庭数量逐渐增加，所有大学中的奖学金无论在名额上还是数量上都完全不足。哈佛大量学生涌进院长办公室要求获得资助或者一份工作。
一些人士建议，解决该问题的最简单办法是让学生去新建的哈佛学生公寓(Harvardhouses)中服务①。但前任校长罗威尔不同意这一做法，他不喜欢在哈佛一些学生为另一些学生服务。但幸运的是，受大萧条的影响，食物的消耗减少了，学校食堂意外地盈利了四万美元。罗威尔使用这笔钱开始了一项学生聘用计划，该计划持续了整个大萧条期间。学校创设了行政部门和图书馆的兼职书记员职位。1932～1933学年，有383名学生申请了这些工作，大约70%学生在上学期间获得了工作。这样，学生的财务问题解决了，这种方式在大萧条期间的整个学术界得到了推广。
1933年9月，科南特召集委员们在财务总管(treasurer)亨利·桑德塔克(HenryShattucek)的办公室召开了一次会议。科南特最初还担心自己作为新校长难以主持会议，但其他六位委员对他的信任使他打消了这个念头。亨利·桑德塔克首先讲了关于投资的情况，然后是一些例行的任命情况。轮到科南特的时候，他提出了有关三百周年校庆资金的事情。而且，科南特认为哈佛发展接下来应该做的事情是增加人力，而非建筑，建筑的时代已经结束了，如果哈佛要在未来投入更多的资金，那么应该使用在奖学金上和教授职位上。
帕金斯(Perkins)指出，目前获得资金很困难，国家处在严重的危机中，没有人知道将会发生什么。哈佛的财政情况虽然由于前人的积累和努力相对较好，但哈佛还须在削减预算，此时增加新支出和增加教授职位是否明智?
有委员同意新系的成立，并对此充满乐观。但是在此之前，他们认为，既然原来的许多预算由于大萧条被削减，那么当学校准备筹集更多的资金的时候，自己系必须获得一部分资金，因为自己的系在这次大萧条中受损最为惨重。
科南特认识到这些意见的合理性。毕竟在6个月之前，他还是一名化学教授，他了解这些系强烈的需求。实际上，不久前他也准备同其他化学家一起为自己获得管理者的公平待遇而呼喊。但是，此时的科南特认为，大家彼此不同的需求会分散资金，最终大家得到的也只是很少一部分，明智的做法是集中这些资金来为整个大学谋福利。在正式与委员开会之前，科南特与其他的委员交流过一些这方面的看法。科南特认为，三百周年校庆即将如期而至，如果利用这一庆祝活动来争取一些资金，那么就可以顺利完成上述计划。在这一点上，科南特的建议得到了广泛的认同。①科南特建议校庆筹款的投资目标主要在两个方面：一是用于增加新的国家奖学金，二是用于设立新的大学教授职位。
由于经济危机的影响，学校财政状况发生了根本性变化，大学为师生提供经济资助的机会减少，学生致力于研究工作的机会增加。因此，设立充足的奖学金可以使他们从经济困扰中解脱出来。在科南特的大力倡导下，哈佛大学管理委员会创办了“哈佛学院基金会”,根据学术才能等级标准授予相应奖学金。哈佛大学国家奖学金的颁发，使部分家庭出身和经济情况比较糟糕，但富有才华的年轻人获得了进入哈佛读书的机会。即使经济危机期间，由于哈佛在财务方面较好的运转，大学教师的工资一直处于缓慢增长态势。同时，由于科南特用筹集的资金增加了一些大学教授的职位，以此来吸引全世界最优秀的学者，也吸引了大批有前途的青年学者。
