哈佛一直保持着学术自由的优良传统。科南特非常欣赏他的前辈们为哈佛学术自由所作出的努力，他曾说，“在哈佛的历史上，艾略特校长曾经极力称赞哈佛教授的自由。1917年，面对一些哈佛毕业生对于哈佛法学院教授发表的公共言论的攻击，罗威尔校长也极力维护哈佛教授的自由。”①
1934年，在科南特继任校长后不久的一次与校友的谈话中，他说：“在罗威尔校长任职期间，特别是在第一次世界大战以后艰苦的日子里，罗威尔校长充满勇气地极力推广学术自由的理念。他的立场使哈佛的毕业生和这个国家的所有公民相信：永远确保教师自由地追求他们发现的真理并表达他们经过思考的观点非常重要。哈佛和在这块土地上所有的其他大学，会永远感激罗威尔校长为学术自由所作出的努力。”②
科南特认为，大学有着确保人们去自由表达各自观点的社会责任。“今日我们处在一个迷茫困惑的时代，政治的目标和计划以及经济的目标和计划常常在激烈的争论中。并且政治的热情时常高涨。无论这个世界所面对的未来是何种模样，大学必须坚守自己的原则确保自由的研究和自由的争论。没有人能够确保目前这个国家所面对的经济问题和政治问题的答案是正确的，我们为了保持哈佛令人兴奋的气氛，必须做到让当前的问题处于热烈的争论中。在我看来，获得终身职位的教师——那些品德高尚、极为聪慧、才华横溢、持有根本上不同立场的人们，他们各方都应该具有代表。哈佛必须保证所有人的自由，并且继续吸引各阵营中的代表。只有这样，我们才能发挥我们最大的价值并且对得起你我的过去。”①
为遵循学术自由的传统，科南特希望哈佛大学能保持政治上的独立性。1934年，他断然拒绝接受德国的哈佛校友恩斯特·汉夫斯滕格尔()的捐款，因为汉夫斯滕格尔是纳粹领袖希特勒的私人朋友与政治伙伴。1936年哈佛大学三百年校庆时，罗斯福总统作为毕业生参加典礼，考虑到哈佛师生对“新政”的敌视，科南特毅然对总统的讲话内容与时间加以限制。他后来说：“罗斯福的讲话没有政治色彩，非常适合那个场合。”②
科南特认为，大学是追求真理的地方，“如果我们试图用一个词总结高等教育的目标，那么最恰当的词语就是‘对真理的追寻’……哈佛大学的建立者选择‘真理’一词，是由于这个词是真正大学传统的试金石。”③而在追求真理、发展文化的过程中，保持言论自由的权力至关重要。在哈佛大学三百周年的校庆典礼上，科南特说：“国家文化的发展基于对过去的研究，其中一个条件是根本性的。这就是完全的言论自由和不受干扰的调查研究。我们必须具有对所有表达的观点，即使看起来是异端的观点，也具有容忍的精神。17世纪以来，这样的做法在宗教领域就已经成为现实。如果在大学内外有人对托马斯·阿奎纳①的哲学表达同情心，不再可能出现偏执的新教徒对此表示反对，也不再可能出现罗马天主教成员由于看到对伽利略审判的批评而发怒。发言人如果被认为有错，会被公开地、公平地以辩论的形式对待，但却不再有迫害。在本世纪，宗教的偏执已经消失，并且没有死灰复燃的迹象。”②
科南特说，哈佛大学一直保持着言论自由的传统，尊重每个人言论自由的权力。“哈佛在争论中诞生。在两个时代已经过去之前，从第一个争论开始就一直有着争论。即使当我们大多数人遇到一些不喜欢的异端邪说时，我们还是能为自由的环境而感到骄傲。”
