墨菲斯的特异功能也得到了明确，他拳头上的两团黑色雾气再次得到了加强，通过多次试验之后，确定他的特异功能是强行破坏防火墙，可以强行破开一条数据通道，轻易便可以给强大的敌人以根本无法抵抗的剧烈伤害，百毒不侵的特工们再也不是那一副根本打不死的小强样了。
他和尼奥两人的特殊能力都是针对系统的，相对于崔妮娣、苏维奇和赛佛等人的特异功能来说，显得更加强大和抽象，也更针对母体中的数据敌人，更能够在战斗中发挥奇效。
在训练大家的这几天时间里，飞船一直非常平稳的向锡安的方向行进着。
强大而信念坚定的墨菲斯一直是锡安中的明星船长，他是先知的忠实拥趸，更是预言派的中流砥柱，他这次去机器都市中寻找救世主的事情是锡安中的大新闻，几乎所有人都知道了，当他在找到尼奥和陈香等人确认了已经找到救世主返航之后，更得受到了锡安人民的热切关注，几乎每一个锡安人民都在盼望着他的回归。
之前墨菲斯和他的船员们活动的范围是昔日被摧毁的伟大都市，也就是现在的机器都市，那里“养殖”着大量的人类，而锡安的位置则是在靠近地心的一个温暖的地幔之中，两者之间距离十分遥远，至少需要深入小半个地球才能抵达。
因此墨菲斯这返程的过程也相对来说相当遥远，需要好几天的路程。
在这个过程之中，陈香和查尔斯教授艾瑞克教授三人也时不时的坐在一起，试图找到在第二层虚拟世界中激发变种人能力的方法。现在他们失去了特异能力的话，也就是普通人类而已，作为并不依赖特异能力的陈香并没有感觉到什么，但是依靠特异功能而生存了大半辈子的查尔斯教授和艾瑞克教授两人却感觉到非常不对劲，浑身上下都不舒服。
而治疗他们这种不舒适感的唯一方法，就是在这个层面的虚拟世界中，再次找回他们的特异功能，重新成为变种人。
而且如果他们想要快速的建立起强大的足以影响所有人类的影响力的话，那么就必须要彰显出能够颠覆整个世界的能力，而对于他们来说，最最现实的方法，就是在锡安人所认为的现实世界之中，也激发出自己的特异功能来。
因此他们三人经常聚在一起，在第二层的虚拟世界中想方设法激发自己的变种人力量。
首先成功的，果然还是查尔斯教授，他以熟练的自我催眠和训练技巧，依靠着成熟而强大的灵魂，再次快速的成功的恢复了自己的心灵异能，并通过催眠暗示等心灵疗法，帮助艾瑞克教授和陈香也启迪了变种人能力。
在艾瑞克教授和陈香恢复了变种人能力之后，他们两人便以各自的电磁异能开始对墨菲斯的船开始进行研究，很快就将地底人类的飞船技术掌握在了自己手中，甚至充满创新意识的艾瑞克教授还在闲极无聊的时候，设计出了十几种飞船的进阶草图。
而陈香则利用这段时间，隐蔽而有效的入侵飞船系统，从软件到硬件将这飞船系统全都掌握在了自己的手上。
当他们快要抵达锡安的时候，这艘飞船已经完全成了陈香的了，现在墨菲斯仍旧能够驾驶飞船，只不过是陈香默默的“借”给他的而已。
经过了五天的漫长跋涉，他们一伙人终于到了锡安了。
在申请进入锡安之后，一个巨大的铁门缓慢的打开，神秘的人类圣城锡安的面貌便展现在了他们的面前。
锡安是一个粗犷的城市，这是一个建立在巨大地下洞穴中的城市，采用的是非常少见的垂直建设的方式，主要是因为他们必须要依靠着地底的岩浆来获取能量，才能够建立起一个属于人类的文明城市来，因为能源技术问题，这里到处都是粗大的管道和巨大齿轮用来传递热量和能量。因为取材原因，这里几乎所有的建筑都是以钢铁生铸而成，充满了蒸汽朋克的味道。
锡安是唯一的人类城市，更是人类最后的希望。
