对符合免税资格的慈善组织的认定，固然少不了实体法的要求，之所以赋予慈善组织以免税的待遇，主要原因在于慈善组织的公益目的。但公益目的无法自证，因此需要法定化的程序。“现代社会与法律的合理性之所以是形式上的理性，是因为它指引的行动与行动的后果有更高程度的可计算性，而行动本身所追求与达到的目标却是不确定的。”[11]也就是说，慈善组织自动取得免税资格的国家比较少，各国都有严格的法定程序。免税资格认定程序法定化，体现了形式正义理性。“在现代社会中，许多互动过程的进行是借助某种程式化和类型化的做法……这一特点还进一步体现在诸如程序正义这样的制度安排中。也就是说，价值理性（如公平、平等）的实现经常要依循程序的方式才能获得保证。”[12]法律制度的安排，不仅要从实体法上进行，也应从程序上加以设计。“人间之事，形式与实质相当，固为常态，但不尽然，有时会有形式与实质不一致，仅具表见事实之外观的情事。鉴于形式表彰于外，比较容易认定其有无及范围，所以，在规范的设计上，当重视在交易安全（例如表见事实引起之信赖的保护、登记制度）、防止纠纷或降低交易成本（例如要式规定），倾向于借助形式要素；当重视在公平，倾向于借助实质要素，作为规范的手段。由于考虑的角度不同，在规范的规划上，有形式与实质层面之不同规范的方式与要求，其规范设计之规范技能亦有差异，各有胜场，没有绝对的优劣。具体情形要看规范目的何在，适能为适切的判断。”[13]
慈善组织的收入、财产、活动即使符合税法免税要求的，也不是自动获得免税资格，而是要通过申请获得免税资格。在美国，除教会组织和一些规模较小（通常年收入不超过5000美元）的组织外，美国的非营利组织在成立后并非自动获得免税资格，还要另行向税务机关进行申请。在认定慈善组织的免税资格的权力配置方面，美国赋予了联邦政府即国家税务局，只有它才有权认定申请机构的免税资格。另外，在对申请免税资格的慈善组织进行审查时，形式审查和实质审查双管齐下，以保证慈善组织在组织方面和运作方面都符合相应的要求。[14]这些做法，值得我国参照。对慈善组织免税资格的审核，要有严格的税务登记制度、纳税申报制度，免税资格审核制度，以保证课税免税程序法定，稽查征收合法，堵塞税收征管漏洞，确保税收负担公平合理。这些都要求慈善组织免税资格程序法定化，避免人为的漏洞。
