（一）管理主体问题
城市污水处理的全过程可以分为污水的排放、收集、处理和再利用四个环节。根据《水污染防治法》和《城市排水许可管理办法》，建设主管部门和环境保护主管部门主要负责污水管理事项。其中，在污水排放环节，建设主管部门负责排水许可和监管，环境保护部门负责排污许可和监管。在污水收集、处理和再利用环节，建设主管部门负责污水处理设施（污水管网和污水处理厂）的建设和运行管理，环境保护主管部门负责监督污水处理设施正常运行和达标排放。
建设主管部门和环境保护主管部门在污水管理中不是相互协作的关系，而是各自为政。建设主管部门负责污水处理厂的建设和运行；环境保护主管部门负责排污企业和污水处理厂的监督管理。排污企业偷排、超标排放导致污水处理厂水质水量不稳定，增加了污水处理厂的运行成本，而增加运行成本与环保部门没有任何利益关系，反而环保部门在检查偷排超标排放时会从企业那里有获得权力租金，从而导致污水处理厂的压力巨大。然而，污水处理厂没有执法权，无权控制污水排放是否达标。由于这个原因，污水处理厂在很多地方已经由环保部门负责运行，虽然此种方式环保局即当运动员又当裁判员，但是由于污水处理与环保部门利益相关联，从而迫使环保部门对排污企业加强管理。另外，污水管理主体存在的问题还表现在排水管理和供水管理的分割。[3]城市污水的收集和处理都由排水部门管理，城市生活和生产用水则由供水部门管理，排水管理部门和供水管理部门的分割导致污水回用没有纳入到供水计划，从而造成了水资源的浪费。
（二）管理手段问题
1.“命令—控制”型手段存在的问题
（1）排放标准落后。现行国家污水处理排放标准没有随着经济和科学技术的发展而及时更新。例如，1998年制定的《污水综合排放标准》和2002年制定的《城镇污水处理厂污染物排放标准》，现在仍然沿用。环境保护部已经着手这两个标准的修改，并于2010年10月14日开始征集相关部门和科研院所对修订国家环境保护标准《污水综合排放标准》和《城镇污水处理厂污染物排放标准》的意见。
缺乏科学性。一方面，污水处理排放标准对一些水质指标规定过严，[4]如刚刚出台的《制浆造纸工业水污染物排放标准》对现有造纸企业污水COD排放限值为100mg/L，导致很多企业因污水处理费用太高无法生存。又如《生活垃圾填埋场污染控制标准》中出水COD排放限值为100mg/L，这也是现有技术水平很难达到的。另一方面，不同规模污水处理厂的排放标准应有所区别，我国的排放标准没有充分考虑污水处理厂的规模大小与排放标准以及水环境容量的关系。[5]
存在立法空白。污泥处理是我国污水处理过程中的薄弱环节。到目前为止，除污泥农用标准之外，还没有制定关于污泥处理处置的专门标准；而由于对城市污水处理厂污泥的定位不清楚，我国已经制定并实施的生活垃圾处理处置标准和工业固体废物处理处置标准也无法适用于污泥的处理处置。随着污泥处理处置的需求日益迫切，污泥处理处置的环保标准越来越显示出其重要性。[6]
标准体系不完善。《水污染防治法》规定：“各省、自治区、直辖市可以制定地方水污染排放标准；对于国家水污染物排放标准中已作规定的项目，可以制定严于国家水污染物排放标准的地方标准。”但是，除北京、上海、天津、广州等大城市在节能减排的压力之下在近几年颁布了地方标准外，其他地区几乎没有地方标准。地方标准的缺失，不利于地方根据当地的环境容量和经济发展情况因地制宜地实施污水管理。一方面，环境形势严峻的地区，执行国家标准不利于保护环境；另一方面，环境条件好的地区，执行过严的国家标准又不利于经济的发展。
