《民事诉讼法》第3条之五①规定：《公司法》第七编第二章规定的诉讼（该章第四节和第六节规定的情形除外），《关于一般社团法人及一般财团法人法》第六章第二节规定的诉讼，以及关于其他依据前述法令以外的其他日本法令所设立的社团或财团，准用前述法令的诉讼的管辖权，专属于日本的法院。第3条之五②规定：关于登记或登录的诉讼的管辖权，登记或登录地是在日本国内时，专属于日本的法院。第3条之五③规定：关于知识产权中因设定登记而发生的事项的存否或其效力的诉讼的管辖权，若是在日本登记时，专属于日本的法院。日本《公司法》第七编第二章规定除了有关特别清算的诉讼和取消清算无限公司（两合公司）的财产处分的诉讼外，其他有关公司组织、股份公司中的责任追及、解任股份公司的董事、无限公司等的职员除名、取消发行公司债券的公司的清偿等诉讼，以及关于一般社团法人等的组织、一般社团法人等中的责任追及、解任一般社团法人等的董事的诉讼，以及依照其他日本法令成立的社团或财团准用上述法令的诉讼，日本的法院具有专属管辖权。
《民事诉讼法》第3条之十的规定，对于涉外诉讼，如果日本法律规定专属于日本法院管辖时，排除《民事诉讼法》第3条之二至第3条之四，以及第3条之六至第3条之九的规定。具体而言，除了第3条之五的国际裁判专属管辖的规则外，对于其他类型的管辖权，只要有日本法律规定专属于日本的法院时，则其他管辖权规则不予适用。
（五）合并管辖
《民事诉讼法》第3条之六规定合并请求的管辖权规则。如果一个起诉中包含数个请求，日本的法院对其中的一个请求享有管辖权，而对于其他的请求不具有管辖权时，仅在该请求与其他的请求之间具有密切的关联时，可以在日本的法院提起诉讼。该条但书规定，当数人提起诉讼或针对数人提起的诉讼时，仅限于《民事诉讼法》第38条前段规定的情形。《民事诉讼法》第38条前段是有关必要共同诉讼的规定，即作为诉讼标的之权利或义务共同属于数人时，或者基于相同的事实及法律上的原因，数人可以作为共同诉讼人起诉或被诉。
（六）协议管辖
在涉外民商事交往中，协议管辖非常重要。《民事诉讼法》第3条之七用较大篇幅规定日本涉外民商事诉讼的协议管辖。根据该条的规定，当事人可以协议选择任何国家的法院提起诉讼，但必须基于一定的法律关系提起的诉讼，并必须采用书面形式。对于书面形式的解释，第3条之七③的规定以电磁记录等可供电脑信息处理的方式提供的记录，也可以视为书面形式。此外，第3条之七④也明确如果当事人达成仅选择一国法院管辖的协议，但该外国法院在事实或法律上不能行使裁判权时，则该协议不能被援用，以杜绝具体案件不能接受审判的风险。此外，该条还对将来发生的消费者合同有关的纠纷和将来发生的劳动关系民事纠纷作为合意对象的协议管辖做出了具体的限制。
（七）应诉管辖
《民事诉讼法》第3条之八规定被告未提出日本的法院缺乏管辖权的抗辩，且就本案进行辩论，或在辩论准备程序中进行申述时，日本的法院具有管辖权。
（八）因“特别事由”驳回起诉
如前所述，“特别事由”说是从日本下级法院判例中发展而来的一种学说。根据《民事诉讼法》第3条之九规定：对于诉讼，即使日本的法院具有管辖权（除去当事人达成仅在日本的法院提起诉讼的协议的情形），法院认为考虑案件的性质、应诉给被告造成负担的程度、证据的所在地及其他的情况，如果在日本的法院进行审理及裁判将存在有害于当事人之间的衡平、或者阻碍实现正确及快速的审理的特别事由时，可以部分或全部驳回该起诉。
