在分析通过海事法院解决跨省水污染纠纷的优势之前，我们应当先探究跨界水污染纠纷产生的背景。在此基础上，我们才能理解为何现行的以行政区划设置的普通法院难以公正地解决跨界水污染纠纷。
事实上，地方保护盛行，一直是中国跨界水污染的主要原因。绝大多数情况下，跨界水污染事件的发生，是因为上游省份相关政府部门执法不严导致的——有时甚至是故意的。以征收排污费为例，“排污费”被很多环保部门称为“开门钱”，排污费的数额与环保部门的业绩、待遇等息息相关。由于排污费主要是按污染物的浓度和数量收费，排污越多，收费也越多。因此，“一些地方的政府部门为了增加排污费的征收数量，便不积极督促排污企业治理污染。特别是在排污只污染下游、不污染本地的情况下就更是如此。”[5]更有甚者，一些地方政府不惜以邻为壑，“故意将一些重污染企业布置在沿河边界地区，下游居民虽然苦不堪言，但对这种行为却无力制止。这样牺牲下游环境发展本地经济，虽然在区域整体看来得不偿失，但对上游行政区来说是利大于弊的，这些领导也往往因为经济的迅速发展显得政绩突出。这种由于缺乏约束政策导致的跨界污染必然会引起相邻行政区之间的矛盾，极易引发环境纠纷。”[6]
其实，“地方政府基于地方利益的考量而殆于履行职责，是极其自然的。”[7]这种“地方保护主义”并非中国特有的现象，在法治水平极高的美国，同样存在类似的问题。“在经济利益的驱动下，当地管制执行官员对当地污染者造成他州，而不是本州污染时，执法会相对宽松。新近研究证明当地执法部门对行政边界地区的企业采取了相对宽松的管制，造成了跨州界污染。”[8]
鉴于跨省水污染纠纷引发的社会问题日益突出，地方各级人民政府加强了对跨省水污染纠纷的行政处理，建立了一些双边或者多边协商的机制。例如，2007年5月，泛珠三角区域福建、江西、湖南、广东、广西、海南、四川、贵州、云南9个省区和香港、澳门两个特别行政区环保部门的负责人汇聚湖南省长沙市，原则通过了《泛珠三角区域跨界环境污染纠纷行政处理办法》。2008年4月，云贵川藏渝等西南5省（区、市）及相邻地区共计11个省（区、市）在四川省成都市共同签署《西南地区及其相邻省区市跨省流域（区域）水污染纠纷协调合作备忘录》。中央层面上，环境保护部在全国设立了六大督查中心，承办跨省区域和流域重大环境纠纷的协调处理工作。2008年8月，环境保护部还发布了《关于预防与处置跨省界水污染纠纷的指导意见》。
然而，跨界水污染的行政处理主要关注省界流域断面水质联合监测、联席会商、信息共享、联合执法监督、协同应急处置等行政监管事项，而非对受害人的救济。即便是“协调处理纠纷”，由于受害人和加害人本身很难参与到这种“协调”之中，这种“协调”对受害人的救济效果显然是相当有限的。
因此，通过司法手段加强对跨省水污染受害人的救济，并且确保这种救济的公正性，就显得尤为重要。
