2006年11月，最高人民法院发布了《关于海事审判工作发展的若干意见》（法发〔2006〕27号），表示要“适时调整海事法院的案件管辖范围，有关陆源污染海域及通海可航水域案件应当由海事法院管辖。要充分发挥海事法院跨行政区域设置的优势，充分利用专业特长，积极支持环保公益诉讼，有选择性地管辖一批此类案件。当前，要重点管辖陆源污染渤海水域案件和陆源污染长江水域的案件”。
可见，最高人民法院已经准备将陆源污染物污染某些通海水域的案件纳入海事法院受案范围，由此，本文的设想和建议就具备了一定的可行性。
《人民法院组织法》第28条规定：“专门人民法院的组织和职权由全国人民代表大会常务委员会另行规定。”与将陆源污染海域及通海可航水域案件纳入海事法院管辖的范围不同——海事法院一直审理船舶或者港口作业污染海域及通海可航水域的案件，将其扩大到陆源污染物只是扩大了污染物来源的范围，并未改变受污染的区域范围——非通海可航水域的跨省水污染案件毕竟传统上不属于海事法院的管辖范围，因此，如果要将其纳入海事法院的管辖范围，需要全国人大常委会特别授权。鉴于跨省水污染问题的严重性和公正的司法救济的必要性，我们有理由相信，全国人大常委作出这种特别授权的可能性是存在的。
海事法院长期以来一直处理海域和通海水域的船舶或港口作业污染案件，为跨省水污染案件的审理积累了专业的审判经验和专业审判人员；海事法院派出庭的合理分布为水污染案件的受理和审理提供了组织上的保证。例如，武汉海事法院虽然设在武汉，但在长江各主要港口和城市都设有派出法庭，目前共有重庆、宜昌、武汉、常熟、南通和南京6个派出法庭。这种机构设置既保证了长江流域司法救助的统一，又方便了当事人进行诉讼。[20]
从海事法院的级别来说，管辖跨省水污染也是比较合适的。海事法院的级别相当于中级人民法院。实践中，目前进入司法程序的跨省水污染纠纷绝大多数由中级人民法院一审，[21]如果改由海事法院一审，并没有改变案件的级别管辖，只是改变了案件的地域管辖。
2.海事法院对跨省水污染纠纷行使管辖权的成本—收益分析
进行任何一项改革，都要分析其预期的成本和收益。只有当预期的收益高于成本时，改革才是值得追求的。否则，即便现有的制度存在缺陷，也应当维持现状。
目前海事法院并不管辖非通海水域的跨省水污染案件。如果让海事法院管辖此类案件，可能会带来以下成本。
一是需要修改《人民法院组织法》和《民事诉讼法》的相关规定，对海事法院的管辖区范围作出新的授权，并且与普通法院的管辖权进行再次分工。一般说来，改变长期以来形成的制度秩序必然会带来一定的制度变迁成本。但这种改革只是对现行普通法院和海事法院的管辖权范围进行微调——只是很少一部分案件的管辖权的转移，并非伤筋动骨的再造，因此，这种制度变迁的成本不会很高。
二是可能会增加海事法院的负担。增加对跨省水污染纠纷的管辖权后，海事法院的负担会有所增加。但这种增加是建立在普通法院案件负担相对减少的基础上，因此从社会总成本的角度来看并未有明显的增加。由于海事法院一直以来都在处理通海水域的污染案件，所以无论是在专业知识方面还是在人员配备方面都具有相当的基础，无须进行大的机构改革，最多只是需要适当增加一些法官。
三是可能会增加当事人的诉讼成本。目前中国只有十个海事法院，外加一些派出法庭，一般设置在沿海地区以及长江沿岸地区，数量相对较少。相对于到原先的普通法院提起诉讼，当事人去海事法院提起诉讼，可能会增加差旅费用。但考虑到海事法院的处理结果可能更公正，这种诉讼成本的增加应当是可以接受的。不过，目前西北地区没有一家海事法院，西南地区也仅有重庆一家海事法院，但西北和西南地区同样存在跨省水污染纠纷，因此，可以考虑在离西南、西北地区最近的海事法院多设派出分庭，以方便群众诉讼。
海事法院对跨省水污染纠纷行使管辖权的收益主要是能够更公正地提供司法救济。而提供更公正的司法救济正是司法机关最重要的目标，也是公众尤其是受害人对于司法机关的最高期待。所以，如果能实现这个目标，付出一定的成本显然是值得的。更何况，根据上文的分析，这种改革的成本相对较小。相对于可能带来的巨大收益，这种成本完全可以接受。
此外，由海事法院统一审理辖区内的跨省水污染案件，而不是由各个普通法院单打独斗地审理跨省水污染案件，可以获得“规模效益”，既有利于节约司法资源，也有利于快速积累经验和知识，提高法院和法官的专业化水平，从而更快更好地处理跨省水污染纠纷。
