目前，某些设置在普通法院中的环保法庭具有一定的跨流域、跨区域水污染纠纷的管辖权。例如贵阳市中级人民法院的环境保护审判庭，拥有统一审理和执行涉及贵阳市“两湖一库”相关环境案件的管辖权，对于贵阳市辖区外涉及“两湖一库”的一审案件，将由贵州省高院向其下达指定管辖决定书。[18]
然而，尽管在审理环境污染案件中具有一定的专业性优势，但这些按照行政区划设置的“环保法庭”，仍然和它们所依附的普通法院一样，在人事、财政等方面依附于地方政府，在审理跨省水污染案件时，其公正性依然可能受到当事人的质疑。
3.通过最高人民法院一审的方式进行救济在实践中不可行
为了避免对跨省水污染纠纷进行司法救济时的“地方保护主义”，一个理论上可行的方案是由最高人民法院直接对跨省水污染纠纷进行管辖。我国《民事诉讼法》规定：“最高人民法院管辖下列第一审民事案件：（一）在全国有重大影响的案件；（二）认为应当由本院审理的案件。”跨省水污染纠纷，就其实际影响而言，确实有可能属于“在全国有重大影响的案件”。然而，《民事诉讼法》生效20多年来，最高人民法院从未审理过一审民事案件。因此，这种理论上可行的方案，在实践中并不可行。
“特定案件对特定法院的适应性以及公平正义的追求，这是我们确立诉讼管辖规则的基本依据。”[19]鉴于普通法院以及新近成立的环保法庭在审理跨省水污染案件中的公正性堪忧，而公正性有保障的最高人民法院事实上又不受理一审跨省水污染民事案件，本文认为，由海事法院对跨省水污染纠纷行使管辖权，对于公正地救济跨省水污染的受害人而言很有必要。海事法院的管辖范围不受行政区域的限制，具有跨区域的特点。这种管辖模式具有明显的优势，审判工作中基本上不受到地方保护主义的干扰，也不存在地方行政机关干预审判工作的问题，而且便于法院在案件审理、执行中与管辖范围内各地的协调，依法独立行使审判权的环境较好，为中立、公正地开展审判工作创造了条件。
（二）海事法院对跨省水污染纠纷行使管辖权的可行性分析
1.海事法院现有的制度安排为其管辖跨省水污染纠纷提供了良好的基础
根据最高人民法院《关于海事法院受理案件范围的若干规定》（法释〔2001〕27号）的规定，海事法院的受案范围包括：“4.船舶排放、泄漏、倾倒油类、污水或者其他有害物质，造成水域污染或者他船、货物及其他财产损失的损害赔偿纠纷案件。5.海上或者通海水域的航运、生产、作业或者船舶建造、修理、拆解或者港口作业、建设，造成水域污染、滩涂污染或者他船、货物及其他财产损失的损害赔偿纠纷案件。”
显然，在通海水域，例如长江、黄河、珠江等，由船舶或者港口作业等造成的水污染，包括跨省水污染案件，由海事法院管辖。如果确实发生了这样的跨省水污染案件，受害人可以直接向海事法院提起诉讼。然而实践中，跨省水污染通常由陆源污染物导致，按照《关于海事法院受理案件范围的若干规定》的规定，尚不属于海事法院管辖。
跨省水污染，无论是由船舶或者港口作业导致，还是由陆源污染物导致，在审理过程中并无实质性的差别。从“技术”上说，既然海事法院可以审理船舶或者港口作业导致的跨省水污染案件，当然也有能力审理由陆源污染物导致的跨省水污染案件。因此，只要能够适当扩大海事法院的受案范围，由海事法院审理由陆源污染物导致的跨省水污染案件就水到渠成了。
