既然公正的司法救济对于跨省水污染受害人而言是至关重要的，那么，现有的司法制度安排是否足以为受害人提供公正的救济呢？答案显然是否定的。
有鉴于此，有学者提出由海事法院对跨界的水污染案件进行管辖的设想。[9]部分全国人大代表和全国政协委员也提出建议跨流域水污染案件由海事法院专属管辖的议案。[10]本文认为，由海事法院对跨省水污染纠纷进行司法救济，既是必要的，也是可行的。
（一）现行司法救济体制在解决跨省水污染纠纷中的局限性
1.普通法院的局限性
1996年《水污染防治法》第26条，2008年《水污染防治法》第28条规定：“跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。”对此，吕忠梅教授认为：“在对跨区域水污染处理方面，仅设立行政调处制度，排斥司法处理的进入，使得司法功能在处理此类纠纷中无从发挥作用。”[11]但这条规定的本意只是为跨界水污染的处理提供了一条行政解决的途径，它并没有否定跨界水污染的受害人提起损害赔偿诉讼的诉权。“跨行政区域水污染纠纷……在法律意义上都可以通过政府协商解决，也可以依法通过司法诉讼解决……不排除……有关人民政府协商之后，继续通过诉讼方式解决跨行政区域的水污染纠纷。”[12]事实上，普通法院已经处理过一些跨省水污染损害赔偿案件。
因此，问题的关键不在于普通法院是否能够处理跨省水污染案件，而在于它们是否能够处理好跨省水污染案件。《民事诉讼法》规定：“因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。”由此，跨省水污染的受害人应当到侵权行为地或者被告住所地人民法院提起诉讼。但问题在于，侵权行为地或者被告住所地的人民法院是否能够公正、及时地解决跨省水污染纠纷？
司法救济的目的之一在于追求“看得见的正义”，因此裁判的“中立性”或者“公正性”至关重要。这种“公正性”不仅仅是结果意义上的，也是程序意义上的，甚至是感觉意义上的。众所周知，中国地方各级人民法院在人事、财政等方面均受制于地方政府，因此具有很强的“地方保护主义”倾向。而大多数的跨省水污染纠纷，都是由于地方政府保护主义所致。让受制于地方政府的地方各级人民法院去审理由于地方政府不作为导致的跨省水污染纠纷，其“公正性”至少从表面上看起来值得怀疑，而实践中甚少有跨省水污染的受害人获得司法救济的事实，也足以证明这种质疑并非杞人忧天。
2.环保法庭的成就及其局限
在环境问题愈演愈烈的情形下，为了弥补普通法院的不足，加强对环境污染纠纷尤其是水污染纠纷的司法救济，许多地方纷纷在普通法院之内设立了环保法庭。
2007年11月，贵阳市中级人民法院成立环境保护审判庭，并成立清镇市人民法院环境保护法庭，专门审理环境违法案件，保卫贵阳青山绿水。[13]而贵阳市委作出设立环保法庭决策的初衷，就是“依法治理贵阳市‘两湖一库’水污染问题，切实保障全市人民群众饮用水源安全”。[14]
2008年5月，江苏无锡市中级法院成立“环境保护审判庭”。此时，距2007年太湖蓝藻暴发事件刚好1年。时任环保法庭庭长的赵卫民毫不避讳地说，太湖蓝藻事件促成了无锡法院环保法庭的成立。[15]
在云南阳宗海污染案发生之后，2008年12月，昆明市中级人民法院环境保护审判庭正式挂牌成立。[16]
……
截至2012年11月，全国已经建立了95家环保法庭。[17]
贵阳、无锡、昆明等地的环保法庭成立之后，不但审理了许多传统的涉及水污染的环境民事、行政、刑事案件，而且在中央层级的法律没有明确规定的情形下，审理了一些涉及水污染的环境公益诉讼案件，取得了良好的社会效果。
