除研究股外，学校教育课的其他各股亦呈现出浓厚的学术研究色彩。指导股要求其定期或临时性地到全市各学校巡察指导，主动与研究股联系，随时介绍研究成果、推广有益经验。编审股着重介绍一些新的教材和教法，并向社会介绍教育实验研究的成果及教育行政和学校内部的情况，同时要联络研究股审查各种儿童读物，并加以审定或改编，以适合儿童的需要。调查股之责是专门对各校的办学效果，包括“教材之良毓、学生之优劣、师资之好坏、费用之多寡、效率之大小”等进行调查、统计并予以评价，为研究股提供教育研究资料，以便综合比较，图谋改进。卫生股则是针对当时中国人卫生习惯差的实际情况而设的，除指导各校进行卫生知识宣传和清洁习惯的训练外，还与社会合作开展卫生运动，防止疾病的传染和流行。陈鹤琴对教育课内部组织结构的安排，能让我们感受到这一行政机构所呈现出来的学术研究精神和科学管理水平，这也是他一贯重视研究的个性精神和由蔡元培首倡的教育行政学术化的时代取向的综合表现。
其次，陈鹤琴在南京市区全面建立小学教育实验区。陈鹤琴负责的学校教育课的管理范围包括全市公、私立中、小学，婴幼教育，师范教育和社会教育。其中小学数量最多。由于小学跟各方面联系最广，处在问题的中心。陈鹤琴认为：“欲切实整理市教育，当然以市立小学为基础。”他通过裁撤合并，一方面，合理调整全市小学的布局；另一方面，扩大办学规模，提高办学效率。在南京市原有40所市立小学的基础上，又设立市立小学40所，使办学规模成倍增长。将40所市立小学分为前期小学25所，完全小学10所，实验学校5所。他建立了全市范围内的小学教育实验区。他将全市40所市立小学划分为东、西、南、北、中五个实验区，每区有实验学校一所，各区以实验学校为中心领导所在区的所有小学的教学工作。各实验区在教育课领导下按照独立联系、分工合作的原则，进行行政、教学的实验研究等方面的工作。
陈鹤琴划分的五个教育实验区，每区都以一门学科为试验研究的中心(东区为语文，南区为算术，西区为美术，北区为自然，中区为社会),各区相应配设一名适合本区研究学科的研究员，与该区实验学校校长共同主持该科教材教法的研究试验工作。每月轮流在各区实验学校举行该区中心科目教材教法讨论会，陈鹤琴出席指导，规定各区小学担任该科的教师必须出席。实验学校为所在实验区“教育研究之中心”,试验教学上的各种问题，在全区小学中起模范作用。同时在统一计划下，实验学校和学校教育课研究股保持密切联系，共同试验解决各种教学问题，以谋求全市范围内的相互促进和经验共享。实验学校实际上就是该教育实验区的教学、研究和管理中枢，它上达市教育局，下连本区其他小学，并以研究精神贯穿全区，形成本区办学的风格特点。
在试验工作中，陈鹤琴总是以一个实验研究者和导师，而不是以行政长官的身份参加工作，使整个实验区工作始终保持着浓厚的学术气氛。对于各校的行政工作，陈鹤琴每周召开一次校长会议，会上主要是讨论各种问题，如就如何办好一所新式小学，大家发表意见，集思广益、择善而从。在教育课任职期间，陈鹤琴还在整顿私立学校、改良私塾，推广学前教育、社会教育、创立师范学校方面做了大量工作。
(2)主持上海工部局华人教育处，谋求租界区华人儿童教育的改良和普及。
