首先，排除合理怀疑重在排除“合理”的怀疑，而不是怀疑的量的多寡以及严重程度。所谓合理怀疑，是指一个普通的理性人凭借日常生活经验对被告人的犯罪事实明智而审慎地产生的怀疑。英美国家往往从一般意义上进行解释，如英国将之界定为这样一种怀疑：“当你在日常生活中处理重要事务时，对你产生这种或那种影响的怀疑。”国内有学者主张用“排除一切合理怀疑”作为刑事诉讼的证明标准，以保证有罪裁判的正确性。笔者认为，排除合理怀疑标准并不是要排除所有的怀疑，而是强调所排除的怀疑的合理性，只要怀疑是合理的，自然都要排除，因此没有必要画蛇添足。还有人认为，合理怀疑中的疑点是指那些影响案件事实认定的具有根本冲突的疑点或者重大疑点，如被害人身上的伤口与致害工具不相符、被告人口供与物质不能印证等；而那些一般疑点，如共犯就具体的犯罪时间表述不一致，不属于合理怀疑的范围。我们不赞成这种观点。虽然说合理怀疑不能是吹毛求疵的怀疑，但在有些案件中，往往是无视那些不起眼的疑点而最终造成冤假错案。
其次，排除合理怀疑是要排除有正当理由的怀疑，而非任意妄想的怀疑。合理怀疑要求怀疑者能够说出怀疑的理由，而不能毫无根据地推测或者幻想。用美国学者杰西卡·科恩的话说，“合理怀疑不是一种幻想的怀疑，不能是一种仅仅可能的怀疑，不能是一种怪诞的怀疑，不能是一种推测。”由于与人类事件相关的每件事情都存在一些可能或者想象的怀疑的可能性，因此，合理怀疑应当是法官或者陪审团根据理性对案内证据情况经过仔细思考后产生的怀疑。
再次，排除合理怀疑要求法官确信指控的犯罪事实存在。“排除合理怀疑”是一种带有浓厚主观色彩的表达，体现出普通法刑事证明标准认识论上的经验主义。人们在解释合理怀疑时，往往与大陆法系国家“内心确信”的证明标准联系起来，将之定义为“一种道德上的确信”。如英国学者塞西尔·特纳就将合理怀疑定义为陪审员对控告事实缺乏道德上的确信，如果控方要证明被告人有罪，就必须将犯罪事实证明到道德上的确信程度。尽管“排除合理怀疑”与“内心确信”在表述上存在差异，但事实上并无本质区别，排除了合理怀疑，就意味着形成了内心确信，反之亦然。
最后，排除合理怀疑不要求达到绝对确定的程度，不要求百分之百的确定无疑。刑事案件事实是一种“过去的事实”，作为历史性事实，无论是当事人运用证据论证案件事实，还是法官运用证据认定案件事实，将难以有自然科学的实验方法来加以判定，都只是基于不完全的证据对过去事实真实性的证明。这种证明属于一种典型的“回溯性认识”，而基于回溯性认识的自身特点，无论裁判者确信程度多高，所认定的事实都不可能必然正确，而只能是一种盖然性或者高度盖然性。此外，排除合理怀疑的标准通常是难以用百分比进行精确量化的，因为对其进行量化解释“不仅可能降低控诉方的证明责任，而且会给陪审员带来理解上的混乱”。但理论上，仍有些学者试图给出一个相对确定的范围，如有人认为法官的确信程度应当超过95%的可能性，还有人认为有罪的可能性应在75%～90%之间。这种差异的存在，恰恰表明了排除合理怀疑的证明不具有绝对的确定性。
三、关于疑罪的处理
