以往的刑事司法实践中，强制医疗程序通常具有明显的行政性色彩，基本上没有任何外在的权力制约，容易侵犯被施与人的人身权益，刑事诉讼法中正式将强制医疗程序司法化，赋予了人民法院的决定权，应该说是我国刑事诉讼法在人权上的重大进步。《刑事诉讼法》第285条第1款规定：“根据本章规定对精神病人强制医疗的，由人民法院决定。”强制医疗程序具有公权力性，必须由专门机关提出意见、加以申请，公民个人无权申请启动该项程序。根据《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，强制医疗程序可以细化为如下七个程序。
（一）启动程序
根据《刑事诉讼法》第285条第2款的规定，强制医疗程序的启动方式有两种：一种是公安机关发现精神病人符合强制医疗条件的，应当写出强制医疗意见书，移送人民检察院。对于公安机关移送的或者在审查起诉过程中发现的精神病人符合强制医疗条件的，人民检察院应当向人民法院提出强制医疗的申请。人民法院在审理案件过程中发现被告人符合强制医疗条件的，可以作出强制医疗的决定。另一种则是人民法院在审理案件过程中发现被告人符合强制医疗条件的，可以作出强制医疗的决定。
由此看出，公安机关并不具备强制医疗程序的启动权，仅具有建议权，强制医疗意见书是否被采纳要经过人民检察院的审批。对于公安机关移送发现的精神病人符合强制医疗条件的，人民检察院也应当严格依据法律，向人民法院提出申请。尽管人民检察院不受到公安机关建议的约束，但仍然要严格执法，遵守法制原则，依法提出强制医疗的申请。人民检察院对于审查起诉中发现的精神病人符合强制医疗条件的，可以自行向法院申请强制医疗。前两种方式都具有明显的司法色彩，尤其是符合不告不理的原则。当然，如果法院在审理案件过程中发现被告人符合强制医疗条件的，可以不经过其他任何机关的申请，径直作出强制医疗的决定。从这个角度来看，强制医疗程序仍然具有一定的行政性色彩。
（二）保护性约束程序
《刑事诉讼法》第285条第3款规定：“对实施暴力行为的精神病人，在人民法院决定强制医疗前，公安机关可以采取临时的保护性约束措施。”该程序是一项配套性的附属程序，它不仅起到临时保障精神病人权益免受非法侵犯的作用，还起到维护社会治安以及他人人身、财产安全的作用。《人民警察法》第14条也有同样的规定：公安机关的人民警察对严重危害公共安全或者他人人身安全的精神病人，可以采取保护性约束措施。该措施是在人民法院决定强制医疗之前，而且是临时的，不是经常为人民法院所采用的。一旦人民法院作出强制医疗决定，该配套措施就不可以再加以实施。该项措施不是由人民法院来加以实施的，而是由具备执行权的公安机关予以实施。为规范公安机关采取的保护性措施，公安部《规定》第340条对此做出了进一步规定：采取临时的保护性约束措施时，应当对精神病人严加看管，并注意约束的方式、方法和力度，以避免和防止危害他人和精神病人的自身安全为限度。对于精神病人已没有继续危害社会可能，解除约束后不致发生社会危险性的，公安机关应当及时解除保护性约束措施。
（三）审理程序
1.管辖和审判组织
根据最高人民法院《解释》第525条的规定，人民检察院申请对依法不负刑事责任的精神病人强制医疗的案件，由被申请人实施暴力行为所在地的基层人民法院管辖；由被申请人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被申请人居住地的基层人民法院管辖。
