补充侦查，指公安机关或人民检察院对案件部分事实不清、证据不足或尚有遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人的，依照法定程序，在原有侦查工作的基础上作进一步调查、补充证据的诉讼活动。补充侦查是侦查权的重要组成部分，只有侦查主体才有权实施。补充侦查并非每个案件的必经程序，具有保证查清定罪量刑的必要事实、情节，防止并纠正刑事诉讼过程中的错误、疏漏的功能。
一、审查逮捕阶段的补充侦查
人民检察院对公安机关提请批准逮捕的申请，只能作出批准或不批准的决定，既不得将案件退回公安机关补充侦查，也不得另行侦查。对决定不批准逮捕的案件，若需要补充侦查的，则应同时通知公安机关。公安机关在补充侦查后，可重新提请人民检察院审查批准逮捕。
二、审查起诉阶段的补充侦查
在审查起诉阶段，人民检察院认为需要补充侦查的，应提出具体的书面意见，连同案卷材料一并退回公安机关补充侦查；人民检察院也可自行侦查，必要时可要求公安机关提供协助。退回公安机关补充侦查的，应当在1个月以内补充侦查完毕；人民检察院决定自行侦查的，应当在审查起诉期限内侦查完毕。审查起诉阶段的补充侦查以两次为限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定；对于经过二次补充侦查，仍然证据不足、不符合起诉条件的案件，应当作出不起诉的决定。
补充侦查完毕移送人民检察院后，审查起诉期限重新计算。
三、法庭审理阶段的补充侦查
庭审阶段，人民检察院对事实不清、证据不足的案件拥有两次提出补充侦查的权力，法庭对此应决定延期审理。每次补充侦查不得超过1个月，人民检察院应自行收集证据、进行调查，必要时可要求公安机关提供协助。人民检察院将补充收集的证据移送人民法院的，人民法院应当通知辩护人、诉讼代理人查阅、摘抄、复制。为体现司法中立，人民法院不能以事实不清、证据不足为由，主动将案件退回人民检察院补充侦查，但可以针对案件中有利于被告人的部分情况，主动建议检察机关补充侦查。补充侦查期限届满后，经法庭通知，人民检察院未将案件移送人民法院，且未说明原因的，人民法院可以决定按撤诉处理。
典型案例
N县J镇半年来陆续有19名青少年离奇失踪，造成社会恐慌。公安机关对此立案侦查，发现这些青少年都在鑫洪发仓库附近失踪。该仓库已废弃多年，无人看管，附近1公里内只有张某一人的房子和菜地。经查，张某曾于1980年因犯故意杀人罪被判处无期徒刑，1999年减刑释放，并在去年曾试图从背后袭击村民汪某上高中的儿子，遂被列为重点嫌疑人。8月6日张某被批准逮捕，9月22日该案被移送检察院审查起诉。检察院以杀人凶器、作案动机、作案方式等方面存在犯罪事实不清、证据不足问题，退回补充侦查。公安机关于两周内补充侦查完毕后再次将该案移送起诉，结果再次被退回补充侦查。公安机关在第二次补充侦查过程中人为该案案情复杂，期间届满未能侦查终结，申请延长对张某的羁押期限。
一般意义上的侦查与本案中的补充侦查隶属于不同诉讼阶段。前者由侦查机关相对独立进行，遇有法定情形可以延长侦查期限；后者已经进入审查起诉阶段，《刑事诉讼法》第171条规定，补充侦查以两次为限、每次在1个月以内完成，没有规定补充侦查期间可以延长侦查羁押期限。根据“法无授权即禁止”的公法法理，本案中公安机关不得延长张某的羁押期限，应当依据《刑事诉讼法》第96条为张某办理取保候审或监视居住的手续，以继续调查。
