首先，要处理好依法独立审判与国家权力机关——人民代表大会——监督的关系。人民法院是由各级国家权力机关产生的，向同级权力机关负责并报告工作，接受国家权力机关的监督。权力机关监督人民法院的工作，一般是通过听取工作报告的方式，但是也不排除在发现人民法院办案错误时提出意见和建议，人民代表可以对人民法院提出质询案。这些监督，有利于人民法院严格依法办案，人民法院应当接受。同时，县级以上人大及其常委会还有权通过个案监督的方式，监督法院的审判活动。但是，人大及其常委会的监督必须是集体的监督，而不能由个别人大代表直接实行所谓的“监督”，人大及其常委会的监督应当通过提出意见或建议的方式进行，而不能直接代替法院行使审判权。
其次，要处理好依法独立审判与社会和人民群众监督的关系。人民法院在依法独立审判的同时，还必须自觉接受社会和人民群众的监督，虚心听取各方面的批评和建议。但是决不允许社会和群众干预法院审判活动。在严格依法独立行使职权的时候，人民法院应当区分是监督还是干预，坚决抵制各方面的压力，保证审判活动的公正、民主。对于以权代法、以言压法，人民法院不仅要坚决抵制，而且要采取相应的司法措施，如发出司法建议等，要求有关部门依法处理。
最后，要处理好依法独立审判与中国共产党领导的关系。人民法院依法独立审判，并不意味着不接受中国共产党的领导。但是，党也必须改革与完善对司法工作的领导。党的领导主要应当是政治上和组织上的领导，方针、政策的领导，不能通过审批案件、参与办案方式领导或代替司法机关办案。
三、分工负责、互相配合、互相制约
我国《刑事诉讼法》第7条规定：“人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。”
分工负责、互相配合、互相制约原则，是规范和调整我国公、检、法三机关关系的一项原则，是三机关在刑事诉讼中处理相互关系的一项基本准则，反映了刑事诉讼的客观规律的要求。
分工负责，是指在刑事诉讼中人民法院、人民检察院和公安机关分别按照法律的规定行使职权，各负其责、各尽其职。任何超越职权的诉讼行为都违反了该项原则。
互相配合，是指在刑事诉讼中，公、检、法三机关应当通力合作、协调一致，共同完成刑事诉讼的任务。例如，对于公安机关提请逮捕、移送审查起诉的案件，检察机关要认真审查并作出相应决定；对于人民检察院提起公诉，人民法院应当审理并作出判决；对于人民检察院的批准逮捕、决定逮捕和人民法院决定逮捕以及需要公安机关执行的判决、裁定，公安机关应当执行。各机关不应各自为战、互不联系，更不应推诿扯皮。
互相制约，是指公、检、法三机关在分工负责、互相配合的基础上，不仅应当认真履行自己的职责，而且应当对其他机关发生的错误和偏差予以纠正，对重要的刑事诉讼活动或措施，由其他机关予以把关，以达到互相牵制、互相约束的目的，防止权力的滥用导致司法腐败。制约和监督具有共同点，即二者都是为了防止滥用职权，但两者并不完全相同。诉讼中的监督是一种法定的职权，双方只是监督与被监督的关系，具有单向性，刑事诉讼的监督权只能由人民检察院行使；而制约作为一项诉讼运行机制，要求某一诉讼职权的行使必然要考虑到另一诉讼职权的存在，职权的行使互相之间必须协调一致，不妨碍其他职权的行使和诉讼任务的实现。双方互为制约者和被制约者，是双向关系。
