一、侦查权、检察权、审判权由专门机关依法行使
《刑事诉讼法》第3条规定：“对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。”根据该条规定，该原则应从以下几个方面来理解。
（一）只有公、检、法三机关有权行使侦查权、检察权、审判权，其他机关、团体和个人都无权行使这些权力
《刑事诉讼法》明确规定侦查权、检察权、审判权由公、检、法三机关分别行使，旨在防止因其他机关、团体和个人滥用国家刑事诉讼职权，给公民人身权利、财产权利、民主权利以及其他权利造成侵害的现象发生。但是，法律有例外的规定，如关于侦查权的行使，《刑事诉讼法》修正后第4条规定：“国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权。”这是对第3条关于侦查权、检察权、审判权由专门机关依法行使原则的补充。另外，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件进行侦查，监狱对罪犯在监狱内犯罪的刑事案件进行侦查。可见，国家安全机关、军队保卫部门和监狱根据法律规定，对特定范围内的案件或特定性质的刑事案件，可以行使侦查权。
（二）公安机关、人民检察院、人民法院依照法律行使职权，必须遵循法律规定
首先必须严格遵守《刑事诉讼法》规定的各项制度和程序，不得违反《刑事诉讼法》的规定，同时也必须严格遵守其他法律的有关规定。这里的“其他法律”是指规定了刑事诉讼程序的法律，包括刑法、人民法院组织法、人民检察院组织法、律师法、国家安全法、海关法等。当相关司法解释、部门规章、内部规定等与“本法和其他法律的有关规定”抵触时，应根据上位法优于下位法原则，适用“本法和其他法律的有关规定”。对于滥用职权的行为，行使该职权的机关及其直接责任人员应承担法律责任。
（三）公安机关、人民检察院、人民法院三机关只能分别行使各自的职权，不能混淆或相互取代
《刑事诉讼法》的这些基本原则，不仅要防止其他机关、社会团体和个人对刑事司法权的干预，而且也要防止混淆刑事诉讼的职能分工，但是，三机关各自行使自己的职权，并不意味着可以各行其是，还需要在刑事诉讼中互相配合、互相制约。
侦查权、检察权、审判权由专门机关依法行使的原则，反映了刑事诉讼客观规律的科学要求，是我国刑事诉讼法科学化、民主化的重要表现之一。该原则不仅有利于提高刑事诉讼的效率，更好地打击犯罪，而且有利于防止三机关滥用职权造成冤假错案，是打击犯罪与保障人权的要求。
二、人民法院、人民检察院依法独立行使职权
人民法院、人民检察院依法独立行使职权原则是我国宪法确立的一项宪法原则，刑事诉讼法予以重申并具体落实。我国《刑事诉讼法》第5条规定：“人民法院依照法律规定独立行使审判权，人民检察院依照法律规定独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。”
这一原则包含两项内容，一是人民法院依法独立行使审判权，即审判独立；二是人民检察院依法独立行使检察权，即检察独立。这里重点介绍前者。
