指定管辖，是指上级人民法院依照法律规定，指定其辖区内的下级人民法院对某一案行使管辖权。实践中，有时会发生人民法院因管辖界限不明出现争管或者推诿，或者有管辖权的法院不宜行使管辖权的现象。为了使案件得到及时、公正审判，立法上赋予了上级人民法院以指定的方式确定案件管辖的一种机动权力。《刑事诉讼法》第26条规定：“上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送至其他人民法院审判。”由此可知，刑事诉讼中的指定管辖有两种情况。
1.管辖不明的刑事案件，由上级人民法院指定管辖
管辖不明在实践中是经常发生的，如刑事案件发生在两个法院管辖范围的交界处，两个法院管辖的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成相互争管或者推诿现象。根据最高人民法院《解释》第17条第2款的规定，管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。
2.有管辖权的人民法院不宜行使管辖权的刑事案件，由上级人民法院指定改变管辖
实践中往往会出现有管辖权的法院不宜行使审判权的情况。不宜行使审判权的案件包括因案件涉及本院院长需要回避而不宜行使审判权，因案件在该法院审判受到严重干扰而不能很好行使审判权等情形。最高人民法院《解释》第16条规定，有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，可以请求移送上一级人民法院管辖。上一级人民法院可以管辖，也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。
根据最高人民法院《解释》第19条、第20条的规定，上级人民法院指定管辖，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院在收到上级人民法院改变管辖决定书、同意移送决定书或者指定其他人民法院管辖决定书后，对公诉案件应当书面通知同级人民检察院，并将案卷材料退回，同时书面通知当事人；对自诉案件，应当将案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。
四、专门管辖
专门管辖是指专门人民法院与普通人民法院之间，各种专门人民法院之间以及各专门人民法院系统内部在第一审刑事案件受理范围上的分工。
专门人民法院的设置是按照各种专门业务机构的组织体系建立起来的审判机关，是我国人民法院组织体系中的重要组成部分。我国目前设立的专门人民法院主要有军事法院、铁路运输法院、海事法院，海事法院不受理刑事案件。铁路运输法院原属于铁路运输企业管理，至2012年7月，全国17个铁路运输中级法院、58个铁路运输基层法院改制工作基本完成，铁路运输两级法院与铁路运输企业全部分离，一次性移交给驻在地的省、自治区、直辖市党委和高级人民法院，实行属地管理。
（一）军事法院管辖的案件
军事法院管辖的案件有：军人违反职责犯罪案件及现役军人、在军队编制内服务的无军职人员、普通公民危害与破坏国防军事的犯罪案件。最高人民法院《解释》第22条规定：“军队和地方互涉刑事案件，按照有关规定确定管辖。”2009年5月最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、解放军总政治部通过的《办理军队和地方互涉刑事案件规定》，是规范办理军队和地方互涉刑事案件的依据。
（二）铁路运输法院管辖的案件
