审查起诉的讯问犯罪嫌疑人与侦查阶段的讯问犯罪嫌疑人具有不同的目的，侦查阶段的讯问目的主要在于获取相关证据，而审查起诉的讯问一方面在于核实口供的可靠性，了解犯罪嫌疑人的认罪态度，以便为出庭公诉作好准备；另一方面在于查明侦查机关的侦查活动是否存在违法情形，尤其是是否存在刑讯逼供的情形。讯问犯罪嫌疑人时，应当告知其在审查起诉阶段所享有的诉讼权利，并由两名以上办案人员进行，按规定制作笔录。
3.听取被害人的意见
这是有被害人的刑事案件的审查起诉的必经程序。听取被害人的意见，在这里主要是指听取被害人有关案件事实认定与法律适用的意见。这是因为被害人是刑事诉讼的当事人之一，虽然其利益要求大部分可通过检察机关提起公诉得以实现，但也可能存在一些不同于检察机关意见的利益要求。因而检察机关在作出是否起诉的决定之前，应当听取被害人的意见，以充分保护被害人的合法权益。但是，这并不等于说，被害人的意见对检察机关具有法律拘束力，是否采纳被害人的意见，检察机关应当根据法律与事实作出决定。
4.听取犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见
这也是刑事诉讼法规定的必经程序。犯罪嫌疑人委托的人是辩护人，被害人委托的人是代理人。不管是辩护人，还是代理人，大都具有犯罪嫌疑人、被害人所不具有的法律专业知识，检察机关在作出是否起诉的决定之前听取他们的意见，可使是否起诉的决定更具有合理性。根据法律规定，辩护人、代理人既可以口头形式提出意见，也可以书面形式提出意见。根据《刑事诉讼法》第170条，“辩护人、被害人及其诉讼代理人提出书面意见的，应当附卷。”根据最高人民检察院《规则》第365条规定，直接听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见有困难的，可以通知辩护人、被害人及其诉讼代理人提出书面意见，在指定期限内未提出意见的，应当记录在案。
5.调查核实其他证据
通过阅卷、讯问犯罪嫌疑人与听取被害人与辩护人的意见后，如发现证据之间存在矛盾，可通过进一步调查来核实有疑问的证据。这是司法实践中审查起诉的基本方法之一，最高人民检察院《规则》第366～374条对此进行了具体规定。根据这些规定，在审查起诉过程中，检察机关认为对犯罪嫌疑人或被害人需要进行医学鉴定的，应当要求公安机关进行；必要时也可以由检察机关进行或者由检察机关送交有鉴定资格的医学机构进行；发现犯罪嫌疑人有患精神病可能的，检察机关应当依照有关规定对犯罪嫌疑人进行鉴定；对公安机关的勘验、检查，认为需要复验、复查的，应当要求公安机关复验、复查，检察机关可以派员参加；也可以自行复验、复查，商请公安机关派员参加，必要时也可以聘请专门技术人员参加；对鉴定结论有疑问的，可以指派或者聘请有专门知识的人或者鉴定机构，对案件中的某些专门性问题进行补充鉴定或者重新鉴定；对物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录存在疑问的，可以要求侦查人员提供物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录获取、制作的有关情况；必要时也可以询问提供物证、书证、视听资料的人员并制作笔录，对物证、书证、视听资料进行技术鉴定；对证人证言笔录存在疑问或者认为对证人的询问不具体或者有遗漏的，可以对证人进行询问并制作笔录；对随案移送的讯问犯罪嫌疑人录音、录像进行审查，对于重大、疑难、复杂的案件，必要时可以审查全部录音、录像。
6.要求侦查机关补充证据材料或补充侦查
