刑事诉讼目的可分为刑事诉讼的根本目的和直接目的两个层次。刑事诉讼的根本目的，与法律的一般目的是一致的，在于维护国家的宪法体制和社会秩序。刑事诉讼的直接目的在于控制犯罪与保障人权两方面：前者是指国家通过刑事诉讼活动，要在准确、及时地查明案件事实真相的基础上对构成犯罪的被告人正确适用刑法，惩罚犯罪，实现国家刑罚权；后者则指国家在进行刑事诉讼过程中保障诉讼参与人的合法权益不受侵犯，特别是保障与案件结果有直接利害关系的犯罪嫌疑人、被告人和被害人的诉讼权利得到充分行使。刑事诉讼根本目的的实现有赖于直接目的的实现。
在美国学者帕卡的诉讼理论中，将体现不同价值观的刑事诉讼的直接目的归纳为犯罪控制模式和正当程序模式。前者认为，惩罚犯罪是刑事诉讼最主要的目的，刑事程序运作的方式和取向，应当遵循惩罚犯罪的目标进行；在刑事程序中，被告人的权利虽然也应当予以保障和尊重，但并非以此为首要目标。后者认为，尊重个人自由和保障个人人权是刑事诉讼的首要目标，在惩罚犯罪与保障人权的关系上，保障人权处于优越地位。在德国诉讼理论中，有实体真实主义的学说，认为刑事程序是为寻求实体真实服务的。日本诉讼法理论在借鉴美国和德国刑事诉讼法学说的基础上，提出了实体真实主义、正当程序主义及实体真实与正当程序相统一的诉讼目的观。实体真实主义主张刑事诉讼旨在发现案件的实体真实，准确适用刑法；正当程序主义认为程序具有至上性，刑事诉讼旨在维护程序的正当性；实体真实与正当程序相统一的目的观认为，在坚持程序正义的同时，实现发现实体真实的要求，是刑事诉讼的目的。
我国诉讼法理论一般认为，实体公正与程序公正、控制犯罪与保障人权两个方面应当并重，不宜在直接目的的两个方面中确立一个绝对优越的价值标准。坚持实体公正与程序公正、惩罚犯罪与保障人权两个方面并重，符合我国刑事诉讼法的要求。但是，惩罚犯罪与保障人权既有统一的一面，也有矛盾、冲突的一面。如疑难案件的处理，非法获得的证据材料是否应予排除，律师对其获知的职业秘密是否应当保密等，都涉及惩罚犯罪与保障人权两方面利益的冲突。当惩罚犯罪和保障人权发生冲突而无法兼顾时，应当采取权衡原则，综合考虑国家利益、社会利益和个人利益，权衡利弊得失，作出有利于实现刑事诉讼根本目的的选择。
三、刑事诉讼结构
刑事诉讼结构是指刑事诉讼法所确立的进行刑事诉讼的基本方式以及专门机关、诉讼参与人在刑事诉讼中形成的法律关系的基本格局，它集中体现为控诉、辩护、裁判三方在刑事诉讼中的地位及相互间的法律关系。立法者总是基于实现一定刑事诉讼目的的需要，设计适合于该目的实现的诉讼结构。从这个意义上讲，刑事诉讼结构是实现刑事诉讼目的的手段和方式，刑事诉讼目的决定刑事诉讼结构。
诉讼理论通说认为，人类历史上曾出现过弹劾式诉讼和纠问式诉讼两种诉讼结构，现代西方国家的刑事诉讼结构主要有大陆法系的职权主义诉讼和英美法系的当事人主义诉讼两种模式。此外，西方诉讼理论关于诉讼结构的归纳，还有对抗式与非对抗式、争斗模式与家庭模式、阶层模式与同位模式、权力行使型与权力抑制型等。以上分类，有助于从不同角度分析刑事程序的特点。
