刑事诉讼中的专门机关，是指依照法定职权进行刑事诉讼活动，并在诉讼中承担一定职能的国家机关。刑事诉讼中的专门机关主要包括公安机关、人民检察院、人民法院和在法律规定的一些案件中行使侦查权的国家安全机关、军队保卫部门、监狱、海关走私犯罪侦查部门等。
一、公安机关
公安机关是国家的治安保卫机关，是各级人民政府的组成部分，是武装性质的国家治安行政力量和刑事司法力量，是负责社会治安和国内安全保卫工作的专门机关。
公安机关的组织体系：在中央一级，国务院设立公安部，组织领导全国的公安工作；在省、自治区、直辖市一级设公安厅（局）；在地区、自治州和省辖市设公安处（局）；在县、县级市、自治县设公安局；在直辖市和中等城市的市辖区设公安分局。根据需要，在大中城市各街道办事处和县属的乡、镇设立公安派出所。此外，在一些特殊的部门或单位设立专门公安机关，包括在国家海关总署设立的海关总署缉私局；在各直属海关设立的缉私局；在铁路、林业、民航、水运等系统设立的公安机关。
根据刑事诉讼法的规定，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。在刑事诉讼中，作为最主要的侦查机关，公安机关的主要任务是负责刑事案件的侦查，其行使的主要职权如下。
1.立案权
对属于自己管辖的案件，在认为有犯罪事实发生并且需要追究刑事责任时，公安机关有权决定立案。
2.侦查权
在侦查过程中，公安机关有权依法讯问犯罪嫌疑人，询问证人，有权进行勘验、检查、搜查，有权扣押物证、书证，冻结存款、汇款，有权组织鉴定和侦查实验，实施通缉，有权对犯罪嫌疑人采取拘传、取保候审、监视居住等强制措施。对现行犯或重大嫌疑分子有权先行拘留。对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人有权申请检察机关批准逮捕，对经人民检察院批准逮捕或人民检察院、人民法院决定逮捕的犯罪嫌疑人，有权执行逮捕。对有证据证明有犯罪事实的案件，有权进行预审。对符合法定条件的案件，有权作出侦查终结的决定。
3.执行权
在刑事诉讼的执行阶段，公安机关负责对被判处管制、拘役、剥夺政治权利的罪犯的执行。对于被判处有期徒刑缓刑、假释、监外执行的罪犯，执行期间也由公安机关监督。
二、人民检察院
我国宪法和法律规定，中华人民共和国人民检察院是国家的法律监督机关，是代表国家行使检察权或者说法律监督权的专门机关。
（一）人民检察院的机构设置
人民检察院从机构设置上来看，分为最高人民检察院、地方各级人民检察院和各专门人民检察院。
1.最高人民检察院
最高人民检察院是我国的最高检察机关。其主要职责是：领导地方各级人民检察院和专门人民检察院的工作；对全国的重大刑事案件行使检察权；对各级人民法院已经发生效力的判决和裁定，如果发现确有错误，按照审判监督程序提出抗诉；依法对监狱、看守所的活动进行监督；依法对刑事诉讼、民事诉讼和行政诉讼实行法律监督；对检察过程中具体应用法律、法令的问题进行解释；制定检察工作条例、细则和办法；规定各级人民检察院的人员编制。
2.地方各级人民检察院
地方各级人民检察院分为：省、自治区、直辖市人民检察院；省、自治区、直辖市人民检察院分院，自治州和省辖市人民检察院；县、市、自治县和市辖区人民检察院。其中，省一级人民检察院和县一级人民检察院，根据工作需要，提请本级人民代表大会常务委员会批准，可以在工矿区、农垦区、林区等区域设置人民检察院，作为派出机构。此外，为适应检察工作的需要，地方各级人民检察院还先后在监狱、劳教所、看守所设立了驻监、驻所检察室，在税务机关设立了税务检察室。
