最初，项目部请来当地最有名的海龟专家马内萨指导海龟保护工作，马内萨和项目环境保护与社会责任部部长严发经常沿着施工区域长达3千米的海岸线来回巡查，只要发现海龟蛋，便在原地设置一个醒目的围栏。但是，随着施工范围越来越大，不断增多的围栏影响了施工车辆的正常行驶以及大型作业。为了让散落四处的海龟蛋得到集中保护，项目部于2017年11月在项目一期东护岸以西，营区前方的海滩上辟出专门区域，仿造海龟孵化环境打造出一个“海龟孕育中心”。
打造“海龟孕育中心”并非易事，首先选址要在比较安静且无夜间照明的地方，地基要比周围的地势略高一些。海龟天生自带生物导航能力，这种能力使他们能够在汪洋大海中找到回家的路。不过新生的小海龟还很脆弱，金属会影响他们的生物导航能力，导致其无法返回大海。为此，项目部在选择搭建框架的材料时特意避免使用金属材料，孵化区的主要搭建材料为项目部特地从工程物资中调拨出的一批PVC管。搭好的框架外覆盖了一层深色渔网，防止动物猎食并遮阳调温。为了更好地模拟自然的孵化环境，还需要在孵化区内铺上干净细软的沙粒。建造好的孵化区占地近50平方米，最多可以容纳10000多枚海龟蛋同时孵化。
有了专业的场所还不够，还需要配备专业的人员。为了更好地保护海龟，项目部积极与加纳环保局、林业局、野生动物保护司及渔业委员会沟通，找到GWS(加纳野生动物保护协会)并与其签订了海洋哺乳动物——海龟监测合同，聘请GWS的专业技术人员指导中方施工人员的工作。GWS的海龟专家开设了专门的培训班，给项目部从事海龟保护巡逻、观察孵化情况及放生海龟等的工作人员讲解如何寻找海龟、如何迁徙海龟蛋、如何挖制海归孵化窝、海龟孵化的具体条件、如何放生海龟等一系列的问题，所有相关工作人员都必须要经过培训后才可以上岗。此外，项目部还编制了《海龟和海洋哺乳动物保护计划》,最大程度上保育海龟，提升海龟的孵化率。
填海造地是港口扩建中的重要一步。挖泥船每天要挖出约4500万立方米的水沙混合物，再通过排泥管输送到两公里以外的区域，吹填出新港口安放集装箱的堆场。然而，横在沙滩上的排泥管，会挡住海龟上岸产卵，为了给海龟留下产卵的通道，项目部将排泥管垫高了1米。海龟通常在夜间产卵，根据母龟上岸后的脚印可以追踪到它的产卵地。找到海龟蛋的下一步就是将它们迁徙到孵化基地内，在迁徙过程中这些脆弱的生命需要格外的呵护，盛装容器内必须铺上一层细沙，轻拿轻放，防止破裂。到达孵化基地时，工作人员要打造一个和海龟自然产卵的窝相似的窝——通常是一个直径20厘米、深50厘米左右的洞。但不同的海龟有不同的孵化习性，需要挖填不同的沙坑。洞底的沙要细腻、湿润，海龟蛋被轻轻放置在洞中并填上沙子，外层要用干燥、松弛的沙覆盖。沙坑的旁边会树立标签牌，注明孵化时长与日期，同时在顶部会放置一个空心篮子，安放孵化的幼龟，便于运往安全海滩放生。
海龟蛋的孵化周期在45天到60天不等，孵化基地外设有围栏和员工休息设施，6名监测人员24小时轮岗观察和记录着这些生命破壳而出的时间。发现孵化迹象后，监测人员会第一时间通知技术专家和项目管理人员，管理人员会统一协调将这些小海龟在当地的海滩sakumono放生。
除了自身做好海龟保护工作以外，项目部还走进社区、学校、渔村开展环境保护宣传，如请海龟监测专家对村民进行海龟与海洋哺乳动物保护培训，邀请社区居民与学生到项目现场参观海龟孕育中心等，为海龟保护工作走得远走得实做了大量努力。
截至2020年6月，加纳的“海龟护卫队”已孵化放生17000多只小海龟，孵化率超过80%,而在自然条件下，海龟蛋的孵化率仅为15%左右。这些小海龟正不知不觉地为当地海域的生物多样性和维持生态平衡发挥重要作用。特码市长尼·安昂拉高度评价特码新集装箱码头项目，他说中国港湾不仅帮助他们建起世界水平的码头，还很好地保护了海龟产卵地，并为社区学校的孩子们送去了环保设备和环保知识。“看到中国公司能够这样认真地保护当地野生动物，我十分感动。”出生在加纳特码市的青年埃比尼泽·多库说：“在项目部工作快三年了，我见证了这里的海龟保护工作取得了实实在在的成果。”加纳野生动物部联络官安迪表示：“中国企业致力于生态保护工作，支持海龟与海洋哺乳动物监测、海洋底栖动物监测研究等，对加纳经济建设与生态保护工作作出了重要贡献。”
