清前期全国书院没有确切的统计数字，因而具体数目不详。[24]根据有的学者统计，只广东一省，从康熙元年（1662年）至雍正十三年（1735年），共有书院101所，从乾隆元年（1736年）至道光二十年（1840年），又创设了190所。这些书院遍布于各县市，有的一个县就有15所之多，比如香山县，就创设了景行、丰山、榄山、鳌山、旗山、桂山、东山、悦山、三山、澄澜、凤池、凤山、金山、云衢、潭山等书院。番禺（今广州市）也有番山、穗城、濂溪、粤秀、西湖、文澜、羊城、学海堂等书院。新会县则有冈州、景贤、观澜、禹门、礼乐、云汉、天河、龙光、养心等书院。潮州有东莆、城南、韩山、瀛洲、大和、龙湖等书院。仅康熙朝61年中，广东就建立了81所书院，其中由政府创建的69所，民间创建的12所。[25]上述情况告诉我们，省级以下书院的创设，从康熙年间就已经开始了，并未受到清政府抑制政策太多的影响。这也许和当地社会秩序稳定程度有关，以及当地文化本来就很发达的历史渊源的影响。从另一个角度考虑，也可以说，正是顺治十四年衡阳石鼓书院的修复，使得清初抑制书院的谕令在很多地方成为一纸虚文。
清前期设立书院，目的在于“辅学校所不及”[26]。再从前述广东省许多书院是由总督、巡抚、知府、知州、知县创建或改建的情况来看，清前期书院仍然具有官学的性质。正是因为书院的官学化，所以，不仅书院院长、讲师由地方官选聘，而且书院学生的录取和考核权也掌握在地方官手里[27]。清前期书院官学化的性质，从前面所引雍正十一年雍正皇帝的谕旨中也得到了证明。
清前期书院既是讲学之所，也是为士子科举做准备的地方，肄业学生有生员，也有童生，因而所学内容既有经史词章，也有《四书》、《五经》、策论等准备科考的功课。李颙主讲关中书院，高世泰主讲东林书院，朱珔主讲钟山书院，孙星衍主讲诂经精舍，他们的讲授便是以研讨学问为主，包括经史文字音训之学等内容。此外，颜元主讲直隶漳南书院，沈廷芬主讲福建鳌峰书院，黄彭年主讲直隶莲池书院，沈德潜主讲江苏紫阳书院，也都是以探究学问为主。不过，从总的方面来说，清前期书院重在考课，为士子作科举的准备，因而学习内容重在诗、文两项，即四书文、试帖诗，间及经文、律赋、策论之类。[28]乾隆九年（1744年），礼部议覆：“嗣后书院肄业士子，令院长择其资禀优异者，将经学、史学、治术诸书，留心讲贯，以其余功兼入对偶声律之学。其资质难强者，且令先攻八股，穷究专经，然后徐及余经，以及史学、治术、对偶声律。”每月课试，“仍以八股为主，或论、或策、或表、或判，酌量兼试”[29]。由此看来，清前期书院教育重在为科举做准备，研讨学术之风已日益淡漠。
四、寺院教育
清前期回族等信仰伊斯兰教，藏族、蒙古族等信仰藏传佛教。在伊斯兰教和藏传佛教中都存在寺院教育，对回族和藏族等少数民族文化的发展产生了一定影响。
（一）伊斯兰教的经堂教育
