国子监在顺治年间曾采用积分历事法。监生学习期满，拨历部院练习政体。三月考勤，一年期满送廷试。顺治三年（1646年），祭酒薛所蕴奏定汉监生积分法：常课以外，月试经义、策论各一，合式者拔置一等。岁考一等12次为及格，免拨历，送廷试超选。顺治十五年（1658年），祭酒固尔嘉浑奏议，令监生考到日，拔其优者许积分，不与者，期满咨部历事。积分法一年为限。常课之外，月试一等与1分，二等半分，二等以下无分。如果有的监生五经兼通，全史精熟，或者善摹历代名帖，虽文不及格，也可以给1分。积满8分为及格，每年不超过10人。恩贡、拔贡、岁贡、副贡，咨部历满考职，照教习贡生例，上上卷用通判，上卷用知县。例监历满考职，与不积分贡生一样参加廷试。每百名取正印8名，其余的用州、县佐贰。积分不满数额，愿分部的，咨部不得优选。愿意再学习积满分的，也可以。顺治十七年（1660年），积分法停止实行。康熙初年，历事办法也停止了，只是期满咨部考试，以州同、州判、县丞、主簿、吏目使用。从此以后，部院各司再没有监生。那些通文理能楷书的，考选以后，送各修书馆，经过一段时间评议后，以应得职衔选用，优秀的提高等级。
乾隆年间，由于乾隆皇帝对国子监学的重视，经管监大臣孙嘉淦提议，国子监旧有号房500余间进行了修整，并且监南官房也拨给国子监使用，令助教等官及肄业生居住，每年给银6000两作为讲课、桌饭、衣服、赈助的费用。从此国子监设立了南学。此外，国子监这时还实行了以经义、治事分斋教学的办法。明经的或治一经，或兼他经，务取《御纂折中》、《传说》等书，探其原本，讲明人伦日用的道理。治事的如历代典礼、赋役、律令、边防、水利、天官、河渠、算法等类，或专治一事，或兼治数事，务必弄懂其源流利弊。考试的时候，要特别考察经术是否湛深，事理是否通达，稽古爱民的学识如何。三年期满，分别等第，以示劝惩。监生有心得或疑义，逐条记下，呈助教批示，按期呈堂。季考月课，也改《四书》题一，《五经》讲义题各一，治事策问一。这时期国子监学呈现了兴旺景象，“六堂讲师，极一时之选。举人吴鼎、梁锡玙，皆以荐举经学授司业。进士庄亨阳，举人潘永季、蔡德峻、秦蕙田、吴鼎，贡生官献瑶、王文震，监生夏宗澜，皆以潜心经学，先后被荐为本监属官。分长六堂，各占一经，时有‘四贤五君子’之称。师徒济济，皆奋自镞砺，研求实学。”[10]
皇帝亲临国子监视察对国子监学来说是件头等大事，被称作“临雍视学”。顺治九年（1652年），顺治皇帝首次视察国子监，有孔氏及先贤后人赴京观礼，顺治皇帝在彝伦堂，听祭酒讲《四书》，司业讲经，并对国子监官员赏赐不等，从此奠定了以后清朝帝王临雍视学的规制。康熙年间，清政府重修国子监，康熙皇帝亲自为国子监彝伦堂题写匾额。乾隆四十八年（1783年），乾隆皇帝谕示：“稽古国学之制，天子曰辟雍，所以行礼乐、宣德化、昭文明而流教泽，典至钜也。国学为人文荟萃之地，规制宜隆。辟雍之立，元、明以来，典尚阙如，应增建以臻美备。”[11]于是，管监大臣等人仿《礼经》旧制，在彝伦堂南建圆池一座，池中方形台基上建造了辟雍殿。该殿四面各为三间，四脊攒尖，宝顶重檐。乾隆五十年（1785年），乾隆皇帝驾临辟雍行讲学礼，命大学士伍弥泰、大学士兼管监大臣蔡新进讲《四书》，祭酒觉罗吉善、邹奕孝进讲《周易》。乾隆皇帝本人也颁发御论二篇，宣示义蕴。王公大学士等官及肄业观礼诸生3088人圜桥听讲。礼成，乾隆皇帝赐宴礼部，赏赉不等。这是国子监学历史上最辉煌的时期。
