密宗学院学僧要研习事续部、行续部、瑜珈续部和无上瑜珈续部四部经典。佐仁巴经过3年以上的学习，可担任高一级的僧职，例如堪布等。有的还可以升为法王，即甘丹赤巴的候补高僧，不过只有两位，即夏仔曲吉和相仔曲吉。因此，真正在密宗学院学习后，升为法王即而又可以升任甘丹赤巴的人，除了要具备学问、资历等条件外，还必须是长寿者。这里需要说明的是，甘丹赤巴是甘丹寺的主持，格鲁派始祖宗喀巴的传承弟子，职位仅次于达赖喇嘛和班禅喇嘛，权力很大。
再次是时轮学院的教育。这是专门研习天文、历算等专门知识和专业技术的学院。不是所有藏传佛教格鲁派寺院都设有时轮学院的，只有塔尔寺有1所时轮学院，名丁科札仓，拉卜楞寺有2所时轮学院，即丁科札仓和吉多札仓。时轮学院的组织机构大体上同于显宗学院和密宗学院。时轮学院的僧人要学习天文、历算等专门知识，毕业时应独立编写一年的年历。由此可见，时轮学院学习的内容，同藏族人民的生产和生活有密切关系。藏传佛教格鲁派寺院所以设立时轮学院，也是适应了藏族社会发展的需要。
时轮学院的僧人学习到一定年限，掌握了所学的专业知识和专业技术后，要进行具体考核，成绩及格的，授仔仁巴学位。
最后是医宗学院的教育。医宗学院主要是学习医学方面的知识，这也是藏传佛教格鲁派寺院适应藏族社会生活需要而设立的。据统计，塔尔寺有1所医宗学院，名曼札仓；拉卜楞寺也有1所医宗学院，名曼巴札仓。医宗学院的组织机构也和显宗学院和密宗学院相同。医宗学院的学僧主要学习一些医疗技术知识，还要外出采药，加工炮制，并进行一些医疗实践活动。医宗学院的学僧在掌握了一定的医疗知识和技术以后，经过考核，成绩及格，可以得到曼仁巴学位。
谈到藏传佛教格鲁派的寺院教育，还应提及塔尔寺的法舞学院欠巴札仓。原来，寺院举行法会期间，一般要举行“跳欠”活动，跳欠俗称“跳神”，藏语叫“尕欠”，这是一种带有独特味道、富于宗教色彩的舞蹈。塔尔寺法舞学院的《法王舞》和《马首金刚舞》最出名。佛教认为，法会举行跳欠活动可以驱逐魔鬼，去掉不祥，所以，法舞的各种姿态都表示以武力降伏一切妖魔鬼怪。塔尔寺设立法舞学院的缘起是，康熙五十五年（1716年），七世达赖喇嘛9岁，被青海蒙古僧众迎到塔尔寺供养。于是，七世达赖决定在塔尔寺设立法舞学院，派布达拉宫南杰札仓的舞蹈师前来教习舞蹈、乐器，赐给扮演法王、马首金刚等角色用的文武护法面具几十副，还有其他舞衣、法器等。从此，塔尔寺每次法会期间都要举行跳欠活动。乾隆十三年（1748年），西藏永安寺七世济咙活佛把自己在塔尔寺的活佛院捐给塔尔寺法舞学院，从此，法舞学院有了自己的排练场地。法舞学院作为塔尔寺的一个机构，专用于举行法会时的跳欠活动，最高僧职是“欠哄”，相当于札仓堪布，另有舞蹈教师名“欠郭”。举行法会参加跳欠的僧人，一般是从显宗各学院临时抽调的，从法舞学院领取一定的布施。
藏传佛教格鲁派的寺院教育，在清前期培养、造就了一批人才，例如五世达赖阿旺·罗桑嘉措（1617—1682年）、三世松布（1704—1787年）、三世土观（1737—1802年）、三世章嘉（1717—1786年），司都（1700—1774年）等人。这些人都有许多著述问世，对藏族文化教育事业的发展作出了贡献。此外，藏传佛教格鲁派的寺院教育在积累藏族历史文化典籍、传播社会科学和自然科学知识方面，也发挥了重要作用。世上曾流行这样一种说法，在过去的西藏，“舍寺院外无学校，舍宗教外无教育，舍僧侣外无教师”。在这样的情况下，在清代前期，藏传佛教格鲁派的寺院教育对推动藏族文化发展所起的积极作用是应当肯定的。当然，藏传佛教寺院教育宣传虚无缥缈的佛教教义，把许多学僧束缚在为争得学位而苦读经典的神学牢笼之中，其消极作用也是显而易见的。[34]
附：藏传佛教格鲁派六大寺院札仓设置表[35]
