显宗学院的学僧要学完因明学、般若学、中观学、俱舍学、戒律学等藏传佛教格鲁派显宗方面的五部分课程，需要在13个班级中，花费15年的时间。其中，学习有关推理、论证方法以及有关思维方法的因明学，要上卡多噶玛、卡多广、堆仲、堆钦、达仁等5个班级，费时5年；学习增长智慧才能的般若学，要上央萨肖、央萨广、噶当布和噶玉哇4个班级，用去4年时间；学习佛教关于不执着诸法有无二边、观中谛之理说教的中观学，要上吾玛萨和吾玛格2个班级，用2年时间；学习论述佛教人生观和世界观的俱舍学，要上佐这1个班级，用4年时间；学习专讲僧人行动规矩的戒律学，要上噶仁1个班级，时间不定。学习中所用的教材，有《现观庄严论》、《中观论》、《入中论》等藏传佛教经典著作，也有这些显宗学院宗师自己编撰的讲义。顺治和康熙年间的一世嘉木祥阿旺宗哲（1648—1712年），他编写的讲义不仅用作哲蚌寺果莽札仓学僧们的教材，而且也供拉卜楞寺和塔尔寺的学僧们作教材用。
显宗学院的学经僧人花费15年时间、学完5部经典课程之后，还要继续学习5至10年时间，根据学习成绩，由老师推荐提名，经学院堪布认可，去考取格西学位。格西学位共四等。一等格西叫作拉仁巴，是学经僧人中佛学知识最渊博的高僧，是在藏历正月祈愿大法会上，经过三大寺僧众考取的。大法会一般举行20余天，考取格西学位是大法会的重要内容之一。每天考试1至2名，被考学僧要在大昭寺讲经院立宗答辩。考取的学僧还要参加复试，达赖喇嘛亲自参加，和相关僧职人员评定后，作出是否录取的决定。这样录取的学僧，还要经过正月法会的再次立宗答辩，才能最后张榜公布。一等格西学位一般只取前六、七名。考取者按惯例由甘丹赤巴率领绕大昭寺一周，让僧俗人众瞻仰，以示尊荣。
二等格西叫措仁巴，是仅次于拉仁巴格西的有学问的僧人，是在藏历二月法会上，经三大寺僧众考取的。二月法会与正月法会的程序基本相同，只是规模稍小一些，达赖喇嘛一般不参加，一些高僧也可以不参加。考取二等格西是二月法会的重要内容之一。二等格西的考试办法和一等格西的考试办法基本相同，只是不那么严格。二等格西一般取10名。
三等格西叫林塞，是在本寺院范围内经过立宗答辩考取的。每寺录取名额5至8名不等。
四等格西叫多仁巴，是在本学院内立宗经过答辩考取的。录取名额在10人左右。
应当指出的是，学僧在考取格西学位后，要向全学院僧众发放布施和茶饭，也要向堪布和上师作供养。这是很大的一笔费用。一些贫困的学僧无力承担，因而他们也就不可能取得格西学位。取得格西学位以后，学僧在显宗学院的学习便结束了。他们或到寺院去做堪布；或到密宗学院继续学习；或继续留在寺院中，收徒讲经；或走入社会，诵经弘法。到底怎么样，完全依取得格西学位僧人的具体情况而定。
其次是密宗学院的教育。藏传佛教格鲁派密宗学院的教育可分两类。一类是普通的密宗学院，即昂巴札仓。在这里学习的僧人称为昂巴札巴。哲蚌寺、色拉寺、札什伦布寺等密宗学院就属于这一类。学僧在这里专修密宗，而不习显宗。这些僧人还念咒、降神、祈雨、防雹，因而可以得到西藏地方政府的一些俸禄。昂巴札巴可以考取昂仁巴密宗学位。另一类是拉萨上、下密宗学院，它们独立于拉萨三大寺之外。这里的僧人称喇嘛居巴，即修显宗，也修密宗。喇嘛居巴一部分来源于没有取得格西学位的显宗学僧，他们被称为吉仁巴；另一部分是在显宗学院取得格西学位后的深造者，被称为佐仁巴，是密宗学院的正宗僧人。
