隐元隆琦（1592—1673年），福建省福清县人，福清县黄檗山万福寺主持，著名高僧。顺治十一年（1654年），他率领弟子三十余人前往日本，主持唐三寺。此前，日本长崎已有华侨和来日本的中国商人居住，这些人为了宗教祈祷和丧葬法事的需要，在长崎兴建了三座中国禅寺，即兴福寺、福济寺、崇福寺，总称唐三寺。这些寺庙的主持按照惯例都是由来自中国的名僧担任的。隐元隆琦前来日本，就是主持唐三寺事务的。隐元隆琦到达日本以后，除了管理唐三寺事务外，还营建了新的寺庙“黄檗山万福寺”，并亲自担任主持。这样，在日本佛教界就出现了一个新的禅宗派别——临济禅黄檗宗。这个新的宗教派别以中国福建省黄檗山万福寺为祖寺，仪式、法规和堂、塔配置，也都仿照黄檗山万福寺。不仅如此，僧人念佛用汉语，诵经用汉音，生活习俗也都保持中国明朝时的式样。隐元隆琦及其所创立的黄檗宗，在日本权势人士的支持下，有了很大发展，使当时日渐衰颓的临济禅宗为之一振，出现了新局面。
临济禅黄檗宗的兴起，极大地影响了日本寺院的建筑风格，使其向中国明代的寺庙规格转化，由以经堂、讲堂为主，变为天王殿、大雄宝殿、法堂、走廊等多种建筑组合，到处还有楹联和匾额。此外，隐元隆琦还从中国请来多名雕塑工匠，例如方三官、范道生、林高龙、吴真君等。这些雕塑方面的能工巧匠在寺庙中安置的佛像，栩栩如生，风格奇特，为日本许多佛教寺庙所仿造，进一步扩大了黄檗宗的影响。不仅如此，隐元隆琦以及来日本的其他黄檗山万福寺的僧人，几乎都精于书画，他们来到日本后，也把具有黄檗山风格的书法绘画艺术带到了日本，影响了日本的书法界和绘画界，促进了日本书法绘画的发展。
明末清初寓居日本的中国人，还有陈明德、王宁宇、戴笠等医学家。陈明德是杭州人，擅长小儿科，到日本后改名颍川入德，写了《心医录》等专著。王宁宇在顺治年间来到日本，他的医术影响了许多日本人。由于他别号五云子，所以一些医者的药包也称为五云子包。戴笠字曼公，到日本后改名独立。他精通医学，把治痘的医术传给了日本的学子，对日本医学的发展做出了贡献。
日本黑漆描金山水大笔筒
清前期中日文化交流，还表现在当时中国的学术影响了日本的学术界。以考据著称的乾嘉学派，在清代学术史上占有重要地位。这个学派的考据学风对日本学术界产生了影响。从日本学者太田锦城（1765—1825年）在其著述中引用中国学者曹溶所编《学海类编》看，不仅乾嘉学派，而且清初的考据学者阎若璩等人也都对日本学术界产生了影响。正是在清前期考据学的影响下，日本学术界出现了考证学派。这个学派崇信古典，埋头于日本历史、日本文学文献的考证，有的人甚至对药物学、民俗学也进行考证。清前期编辑的许多大型图书传到日本后，对日本的编书事业也产生了影响。日本长达三千部的《群书类丛》《续群书类丛》，就是在清前期《古今图书集成》影响下编成的。江户幕府纂修的《法度书》、《公事方御定书》，也是受了清前期康熙朝《大清会典》的影响。
还应当指出的是，清前期许多中国画家前往日本，对日本的绘画界产生了影响。伊孚九擅长中国南宗山水画，风格清新。他到日本后，影响了日本画家池大雅、与谢芜村等人。池大雅、与谢芜村通过向伊孚九学习，成为日本著名的画家。沈南蘋是写生大师，他画的花卉精致艳丽。雍正九年至十一年（1731—1733年）间，沈南蘋留居日本，向日本画界传授画法，结果，长崎译官熊代绣江以及圆山应举等人，通过向他学习，技艺明显长进，并影响了更多的日本画家，以致日本画界产生了写生画中的南蘋派。[38]
二、和朝鲜的文化交流
