格底目派。“格底目”，系阿拉伯语，意为“尊古”，称“老古派”，通称“老教”。格底目派是我国传播最早、流行较长的伊斯兰教派，从唐初到清康熙末年苏非派传入中国之前，经历了约1100多年的历史。由于长期受汉文化及儒学的熏陶，是伊斯兰教中比较保守的教派。格底目派主张，严守老规旧矩，重视“舍若阿提”（法定的干功），反对标新立异，对“妥若格提”（道路）只看作是一种副功。认为今世和后世是一个统一体，没有今世的干功，就没有后世的幸福。格底目的干功，是要严格履行五件天命课（即念、礼、斋、课、朝）和坚信六大信仰（即安拉、经典、圣人、前定、后世、复生）。提倡在完美“舍若阿提”的条件下，才允许做“妥若格提”。格底目的教权组织形式，是单一的教坊制。教坊（即清真寺）之间，互不隶属，互不干涉，各自独立，各行其是，教权组织较涣散。格底目的清真寺，是穆斯林政治、经济、文化和宗教活动的中心。清真寺的组织形式是“三掌教制”，格底目的教义是正统的逊尼派教义，其教律是哈乃斐学派教律。他们对遵从苏非派的门宦，虽持有异议，但对各门宦中的品学兼优、真能按《古兰经》、《圣训》传教的人，也视其为“贤者”，给予尊重。另外，他们对国外来中国传教的“圣徒”、“圣墓”，同样也表示崇敬，也去上坟，但反对出资给外来“圣徒”修建拱北。此外，格底目还很重视宗教末节，带有一些古老风格。由于格底目在长期的发展过程中，经常受到汉族文化的影响，以致在其宗教仪式中含有不少的汉族习俗。[50]
依黑瓦尼派。“依黑瓦尼”，系阿拉伯语，意为“弟兄”，称“艾亥里逊乃”，意为“尊经”，又称“尊经派”。依黑瓦尼创建于河州，风行于西北。由于依黑瓦尼派产生时间较晚，又有别于格底目和其他门宦，故称为“新教”。这一派认为中国的伊斯兰教“汉化”之处颇多，失掉了穆斯林的原有教旨，因此决定结为“兄弟”，以遵循《古兰经》为唯一的宗旨，倡导“凭经行教”、“尊经革俗”，并提出十大纲领（即“果园十条”）。由于依黑瓦尼主张只“认圣、顺圣、尊经”，严格力行“五功”，必须按“主命、当然、圣行、付功”的次序行事，不赞成更高一级的“妥勒格提”、“哈格盖提”，教义简明，信者日多，所以该教派一开始传播，就受到各门宦的强烈反对和攻击。
西道堂派。这一派是中国伊斯兰教中比较特殊的一个教派。西道堂的创始人用清初伊斯兰教学者刘介廉（1660—1740年）的《天方至圣实录》等“汉克塔布”（以汉文写的经典），来宣传伊斯兰教的教义，故称“汉学派”。它创立于甘肃临潭县旧城。教徒分为两种。一种是聚居在道堂内，约有400余户、上千人，过着集体生活。另一种是散居在甘、青、新三省，约有万余人，过着单一的、一家一户的生活。西道堂规定，教徒要将家产捐赠道堂，道堂用这笔钱财扩建农场、牧场、商场等，并把教徒分配在其中的行业里工作，统一过着集体生活。道堂注重教育，学习的功课除汉译的伊斯兰教著作外，还有四书五经。教长实行终身制，子孙不得世袭。由于该教教派溯源于虎夫耶学理的北庄门宦，因此该教派与前两个教派不同，具有门宦的特点。
关于三掌教制，是研究清代伊斯兰教清真寺组织形式和管理制度最重要的部分。“三掌教制”，是承袭外国穆斯林的一种制度。“三掌教制”中的“三掌”名称，常常因地区不同而不同，但甘、宁、青一般设有伊玛目（掌教）、海推布（教经）和穆安金（呼唤礼拜）这三种职称。乾隆以来，改名为开学阿訇、二阿訇、玛金（即穆安金），以及学董和乡老等。开学阿訇是清真寺内的最高宗教首领，他率领教众礼拜、讲经、传教、主持宗教仪式等；二阿訇有时可以代行开学阿訇的职权，但主要是给经文大学讲经授课的；玛金是呼唤礼拜的人；学董、乡老不是神职人员，学董是清真寺事务方面的总负责人，一般由中上层教徒担任，他负责收学粮、管理清真寺寺产、维修清真寺、筹办各种宗教活动等；乡老一般则由热心宗教事务的下层教徒担任，是学董的助手。[51]中国伊斯兰的掌教制度，从明代到清康熙前，教长都是世袭的，并领取朝廷礼部颁发的札副，作为统治阶级批准的象征。到康熙时期，掌教制已经由世袭向教众选聘过渡。自乾隆四十六年（1781年），乾隆帝镇压了苏四十三回民起义之后，则下令在西北各地实行乡约，而代替三掌教制。明确规定，各清真寺不准有阿訇名目，也不准称教长，其管理者则由各级地方官“选老成回民，充当乡约，劝诫稽查”[52]伊斯兰教民。从此，清真寺内出现了对外名为“乡约”、对内名为“学董”的组织管理形式。另外，阿訇被取消后，宣讲伊斯兰教教义的人，则由熟悉或精通该教经典的教徒中选聘，这样原世袭的掌教制被去除。
