陕甘伊斯兰教原无教派之分。自从明末清初，随着一些信徒、经中亚前往麦加朝觐和苏非派的传教徒前来中国传教，致使陕甘伊斯兰教中出现了新的教派。乾隆初年，河州的伊斯兰教开始有“前开”，即主张先开斋后礼拜；“后开”，即主张先礼拜后开斋两教之分。于是前、后开两教派为争教而发生了矛盾，进而演化为乾隆四十六年（1781年）的相互仇杀。由于当时清政府的地方官员派兵往捕镇压，导致平时本来就不满清朝统治的新教民众揭竿而起，反抗清政府。乾隆帝得知回民起义是由教派为了“争立新教，致相仇杀”而引起时，就诰谕军机处大臣要利用回教教派的斗争进行分化，以此扑灭起义。陕甘总督勒尔谨遵照乾隆帝的诰命，残酷镇压了由马明心的门徒苏四十三领导的回民起义。起义被镇压后，又由大学士公阿桂等人筹议了陕甘省善后事宜条款。按照“善后”规定，使许多新教的普通信徒被作为“余党”惨遭杀害；新教被视为“邪教”，予以取缔，不准再公开进行宗教活动，一经发现严惩不贷。强行拆毁新教建的清真寺。同时旧教也受到监视，其信徒因无掌教、阿訇、师父等名目而难以正常进行活动。此外，清政府的这种“善后”还殃及汉民，特别是殃及到伊斯兰学术领域，从而引发了中国伊斯兰教历史上有名的伊斯兰教文字狱。[45]
乾隆之后，清政府对伊斯兰教继续奉行乾隆四十六年“善后”规定的高压、屠杀政策，使得陕甘及北方、东南各省一片白色恐怖。清政府同时在云南利用掌教、衿耆等名目，实行了“以回制回”的政策。
二、门宦制度与教派
康熙二十三年（1684年）清政府决定开放海禁。由于海禁的开放，中西海陆交通日渐通畅，商业贸易不断发展，因此阿拉伯和中亚伊斯兰教中的苏非派也随着商贸的往来传入中国。苏非派进入中国后，逐渐与儒家思想相结合，遂形成了门宦制度，使中国伊斯兰教的内部发生了巨大的变化。
中国伊斯兰教的门宦来自于苏非派。苏非派创建于10至11世纪，该派主张崇拜“圣徒”，拜谒“圣徒”坟墓，并赞同在墓旁祈祷、举行宗教仪式，以及献礼等。同时，认为对当地“圣徒”坟墓的拜谒与到麦加朝觐有同等的意义。苏非派的功课是伴随一定的动作连续不断地赞美安拉（即念：“则可若”）。在进行该项功课时，有人主张高声大念，有人提倡低声小念，还有人认为在参悟中思念。只要教徒在内心里保有其宗教信念，就是合格的。18世纪以来，苏非派的不同教团先后传入中国，分别有库卜拉维教团、卡德林耶教团、什板顶耶教团等。这些教团进入中国后，逐渐形成了门宦。“门宦”源于汉族的“宦门”一词，代表一种封建世袭身份的特权。门宦的特点是神化、崇拜教主，鼓吹教主为引领教徒进入天堂的人，促使门徒绝对服从。信拱北，即在教主坟地建立亭屋，号召教下上坟念经，加以崇拜。教主只以始传者的子孙世袭相传，他人无权承继。门宦教主管辖诸多清真寺，而且直接委任、管理各清真寺的教长，教主与教长之间纯属隶属关系。[46]门宦的形成和特点说明，中国伊斯兰教已与封建地主、儒家思想密切结合起来，形成了独特的教主兼地主的门宦制度。“门宦制度”是中国穆斯林的特有组织形态，阿拉伯和波斯都设有“门宦”和“门宦制度”。只是苏非派各教团的首领具有宗教权力，这种权力表现为创始人和领导人始终被尊为圣徒，而受到极大尊重，这一点无论是苏非派的教团，还是中国伊斯兰的门宦，都是一致的。也正是这一点构成了门宦特权制度的重要方面。
