康熙帝亲政后，正确解决新旧历法争议，并妥善处理了传教士在中国的传教权，放宽对天主教的限制。康熙八年（1669年），康熙帝为了表示对传教士们的安抚和友好，首先让南怀仁重新主持钦天监工作，还在监内安置了一些传教士，并时常请传教士进宫讲学、绘画或从事各种工艺制作。此外，还让传教士参加测绘地形、绘制地图等工作。南怀仁一方面受命主持编修历书，铸造西洋新式火炮；另一方面则利用耶稣会士中国传教会副会长的身份，吁请欧洲各国派遣传教士来华，以扩大在华的天主教势力。意大利人闵明我，葡萄牙人徐日升，比利时人安多，法国人洪若翰、白晋、李明、张诚和刘应，等等，先后来华传教。南怀仁将他们依次推荐给康熙帝。由于这些国家的传教士大多精通天文、历算、舆地、机械工程、哲学、化学和外交，尤其是他们精通汉文、满文和拉丁文，很快就受到康熙帝的器重。这样，康熙三十一年（1692年）正月二十一日，康熙帝颁谕，“将天主教同于白莲教谋叛字样删去”。接着又为天主教正名，允许扩建教堂，进行传教。翌年，他颁布了著名的“康熙保教令”：“查得西洋人仰慕圣化，由万里航海而来，现今治理历法，用兵之际，力造军器火炮，差往阿罗斯，诚心效力，克成其事，劳绩甚多。各省居住西洋人并无为恶乱行之处，又非左道惑众、异端生事。喇嘛僧道等寺庙，尚容人烧香行走，西洋人并无违法之事，反行禁止，似属不宜。相应将各处天主堂俱照旧存留。凡进香供奉之人，仍许照常行走，不必禁止，俟命下之日通行直隶各省可也。”[55]于是各神父均“奉旨回堂”，自由传教。清廷的这一安抚和宽松政策，使得以后10年间，约有100名的耶稣会士来华，并在各地建立了200余座大小教堂，全国15个省区的教徒达30万人之多。这是天主教在华发展的较快时期，也可以说是天主教在华的黄金时代。由此可见，康熙帝对传教士的态度，除继承顺治帝对天主教宽容的政策外，更多的是想利用这批传教士的知识、技术和艺术才能，让他们以客卿身份为宫廷服务。
随着教会的发展，教士和教徒的猛增，一方面，促使西方科技、文化及天主教理论的书刊大量出版，例如，从崇祯二年（1629年）李之藻编印的天主教第一丛书，名为《天学初函》共52卷，到康熙三年（1664年），耶稣会士已经出版150余种关于算学、自然科学、伦理学、天主教理论等汉文书籍。另一方面，大量的中国学术著作也被翻译成西文，流传西方，例如，康熙二十年（1681年），耶稣会士柏应理回欧洲时，一次就带回中文书籍400余册，不久在巴黎刊印了《中国之哲学孔子》；耶稣会士卫方济用拉丁文译的《四书》、《孝经》、《幼学》和用拉丁文著的《中国哲学》等书籍，也都是在康熙年间，由巴拉革大学图书馆印行出版；仅在顺治二年至乾隆七年（1645—1742年）的97年时间里，中国学的书目在欧洲已达到262部之多。这表明，西方天主教传教士在清康熙中期以前的活动，对传播西方科学技术、社会知识和沟通中西文化是有贡献的。尽管这些传教士并不是中西文化交流中最好的媒介；尽管他们也未曾把当时西方最先进的科学技术传给中国，但在当时，他们确实起到了中西文化交流的桥梁作用。使中国人能在封建闭关的帷幕中，多少窥视到一些西方近代科学的踪迹；给中国的知识分子和文化界带来了一场空前的警醒；对有清一代的学术思想产生了深远的影响。[56]
随着天主教在华势力的迅速发展，天主教内部在礼仪问题上发生了争论，这一争论愈演愈烈，最终酿成清廷与罗马教廷之争。
