基督教是奉耶稣基督为救世主的宗教，包括天主教、东正教和基督新教以及一些较小的派别。基督教的一派别曾于唐初传入我国，称为景教；又一个派别元代时传入中国，称可里可温教，两者都中断。天主教曾先后于元代和明末传入，特别是在明末清初之际，随着西洋天主教传教士的东来，在宣扬基督教教义的同时，也传播了西方的科学技术，促进了中西文化的交流和发展。作为罗马东正教的分支俄罗斯东正教，则是伴随着沙皇殖民者对华的侵略，而进入中国的。基督新派是在鸦片战争前后陆续传到中国的。它们在清代宗教史上占有重要地位。
一、天主教
西方基督教最先来华的是天主教。明清之际，西方的天主教在欧洲失势后，便重整旗鼓，企图到东方发展宗教势力，以适应资本主义原始积累的需要，为资本主义列强寻找殖民地服务。这一时期，首批到达北京的天主教耶稣会士是意大利人利玛窦，接着是德国人汤若望、比利时人南怀仁。天主教士来华后，在北京及内地各省以介绍西洋先进的科学技术为手段，以允许入教者保持中国传统的“祭孔祀祖”习俗为诱饵，广泛接触官僚士大夫阶层和平民百姓，甚至渗入到朝廷，发展了不少教徒，建立了一些天主教堂。清初统治者为了利用西洋科学技术和知识，因此对天主教采取保护、利用的政策。
顺治元年（1644年），清兵刚刚入京，被罗马天主教会任命为北京教区的负责人汤若望，就连续上疏清廷，提出“旧法历本大谬七条”[53]，希望按西洋新法制定《崇祯历书》，又说他的天主教是以劝人忠君、孝亲、贞廉、守法为本的，自称愿为新朝历法修撰工作服务。七月，多尔衮决定采用汤若望按西法所修的新历，定名为《时宪历》。顺治二年起，此历颁行天下，开始实行。十一月，顺治帝任命汤若望为钦天监监正。顺治三年（1646年），清廷为了嘉奖汤若望制定新历法的功劳，封他为太常寺少卿衔。“这样，他便由原来历局聘请的专家，成了朝廷命官，开创了西洋传教士直接掌管钦天监的先例。”[54]这表明西方天主教的势力已开始渗入清廷内部。
顺治八年（1651年），顺治帝亲政。顺治帝极为宠信汤若望，尊他为“玛法”（满语“爷爷”之意），免去三跪九叩之礼。顺治帝常与汤若望讨论朝政、天文、历法、道德和宗教等方面的问题，赐号为“通玄教师”，又晋为光禄大夫。顺治十四年（1657年），被革职的吴明炬首先发难，上疏控告汤若望的历法推算有误，试图挑起新旧历法之争，以此摧毁天主教的在华势力，但未得逞。顺治十七年（1660年），旅居京师的江南歙县（今安徽歙县）人杨光先，书呈礼部，控告汤若望借修清历行西洋新法，借西洋新法暗行邪教，蛊惑人心，特别是其妄图以西洋正朔取代中国的传统正朔。顺治帝去世后，由于康熙帝年幼，政权掌握在辅政大臣鳌拜手中，鳌拜一向对天主教怀有偏见，又听信杨光先的一面之词，便下令将汤若望等人逮捕法办，后经孝庄太皇太后出面干预，汤若望等才免于一死。
