民间秘密宗教的思想信仰很庞杂。它们主要吸取了儒家的伦理纲常、大同等政治思想，以及今文学派中的谶纬和三世说；又吸取了道家的宇宙观、个人修行，以及道教的神仙、修炼和方术；还吸取了佛家的神学、戒律、仪式，以及佛教各个教派的教义、信仰、宗旨、习俗等各种成分。他们把这些内容混杂起来，加以低层次的通俗化，形成了一个具有特色的白莲教思想体系。主要内容有：
第一，三世说。民间宗教一般都认为宇宙自开创到最后终止，经历三个阶段，即过去、现在、未来，或称青阳、红阳、白阳，或称先天、中天、后天，或称华龙初会、二会、三会等。三世说，较多地接受了龙华三会说的影响。龙华三会说认为，宇宙自始至终必须经历三个历史时期：龙华初会即燃灯佛铁菩提树开花，龙华二会即释迦佛铁菩提树开花，龙华三会即弥勒佛铁菩提树开花。它们分别代表着过去、现在和未来。而弥勒佛后，就是天真老祖（即弓长）接替了。三世说又根据佛教教义，繁衍为天盘三副说，此说主张不仅三世中掌世的佛教要受替，年月也要改变。它反映了民间秘密宗教的教首们改换天地的意图。
第二，劫灾思想。民间秘密宗教大都宣传劫灾来临，认为世界要经历大劫、末劫、三劫、九劫、一十八劫、九九八十一劫等劫数。其中的“末劫”是指发生在当今世界和未来世界之间，主张经过末劫的最后磨炼，人们才能进入理想世界。民间宗教的教首们宣传劫灾即将来临的恐怖，加深人们的危机感，从而使人入教避劫，达到扩大教徒的目的。另外，他们还力倡随着劫灾到来的是劫变，即通过社会的动乱，促成社会的变革，以达到理想世界的实现。劫灾思想源于佛教，民间宗教把佛教对劫难的哀叹，变为破坏旧世界建立理想王国的信号。
第三，弥勒佛和无生老母的信仰。弥勒佛是民间秘密宗教所信奉的未来神、救世主，它的降临意味着旧世界的消亡和新理想世界的实现。这一信仰认为未来是由弥勒佛掌教的，它共掌97200年，每年18个月，每日18个时辰，任务是普度那些在家贫困的男男女女。由于弥勒佛降生后，会带领人们驱走黑暗，赢得光明和幸福，因此，“弥勒当有天下”就成了聚集饥民、流民、失业者及劳苦大众进行造反的响亮口号。“无生”原本是佛教语言，和涅槃的含义相近，它认为一切现象的本质都是无生无灭、绝对静止的。在重实际的民间秘密宗教中，使这一抽象名词与母亲结合起来，变成一个具体的最高之神——无生老母。无生老母象征着一个拥有众多信徒，具有博爱胸怀、平等品格，同情并保佑劳苦大众，受民众尊崇、信赖的女上帝。她虽是个神，但她又把无数苦难大众母亲的优秀品质凝聚一身。随着清代民间秘密宗教叛逆性的增长，她也逐渐具备了叛逆者的性格，成为清代农民起义和斗争的信仰。
有清一代，由于封建中央集权的统治达到顶峰，阶级矛盾与民族矛盾日益尖锐化，致使清代农民起义的规模、次数和范围大大超过了历代。农民要反抗，要斗争，就需要有一个反映自己阶级利益的精神支柱及组织形式，即宗教的力量。所以，在清代，农民起义跟宗教结社和神秘主义的关系愈来愈密切。
注释
[1] 《清世祖实录》卷四十四，顺治六年六月癸丑。
[2] 《清世祖实录》卷一○四，顺治十三年十一月辛亥。
[3] 昭梿：《啸亭杂录》卷九，《娄真人》。
[4] 《世宗宪皇帝御制文集》卷十六。
[5] 《清朝续文献通考》卷八十九。
[6] 同上。
[7] 参见朱越利：《道教答问》，287～288页，北京，华文出版社，1989。
[8] 转引自卿希泰主编：《中国道教》第2卷，33页，北京，知识出版社，1994。
[9] 《白云观志》卷四，《昆阳王真人道行碑》。
[10] 《碧苑坛经》卷中，《藏外道书》第10册，180页。
[11] 《初真戒说》，《藏外道书》第12册，18页。
