清茶门教由明末闻香教主王森的子孙所创。乾嘉时期，王氏家族数十人先后在河南、山西、湖北、江南等地传习清茶门教。该教传有《三教应劫总观通书》，宣传三劫说和天盘三副说，即认为过去燃灯佛掌天盘，9劫；现在释迦佛掌天盘，18劫；未来弥勒佛掌天盘，81劫。书中还有明显的反清复明的文字：“清朝已尽，四文正佛，落在王门。胡人尽，何人登基，日月复来属大明，牛八原来是土星。”[67]
清茶门教在发展过程中，又分支为圆教一派。创立者是安徽巢县水手方荣升，自号蓬莱无极老祖，编著《破邪显正明心录》，宣传劫变和真命天子下凡。该教所诵经卷还有《定劫宝卷》、《应劫册》等。嘉庆二十年间，清茶门教被清政府压制下去。
八卦教是有清一代华北地区势力最大、影响最深的民间秘密宗教教派。康熙年间，山东人刘佐臣创立了五荤道收元教（即八卦教），编撰《五女传道书》，该教旨在以不食五荤为戒条，传播普度众生收元结果。教内组织有八卦分管各支的安排。乾隆以后，八卦教继续发展壮大。主要活动范围为山东、河南、河北等省，后又延伸到山西、江苏等地。教中按八卦分派，以坎、震、离三支最为发达。八卦教信奉天盘三副说。由于创教的刘氏家族有很多是受过儒学教育的地方官员，所以教义中有较多的儒学内容。例如，他们把三世说中的过去、现在和未来，改称为先天、中天和后天，这三天的掌世人物也是由天上移到人间的，从而反映了儒家的入世精神。到了后来，为了不把忌斋戒的人挡在教外，八卦教由戒五荤改为戒杀、戒盗、戒**、戒毁、戒斯，宣传实行儒家的仁、义、礼、智、信等道德思想。
八卦教在初创时期，与其他民间宗教一样，是以给人治病、祛灾、避祸，作为传教收徒的主要方式。清中叶以后，八卦教各教派内设立了文、武弟子，文弟子运气练功；武弟子演习拳棒。这一形式对后来其他民间秘密宗教的影响很大。另外，八卦教中有些教派有明显的反清倾向，并组织了教派起义。如，乾隆三十九年（1774年）在山东发生王伦组织的清水教起义；嘉庆十八年（1813年）在北京爆发李文成、林清领导的天理教起义等。到嘉庆二十二年（1817年），八卦教教首刘成林被清廷处决，该教派才被镇压下去。
八卦教支派较多，除坎、震、离卦教外，还有清水教、天理教和金丹八卦教等。
弘阳教，又称向阳教、青阳教、混元教等，它活跃于京畿、河北、河南等地区。教徒中多是妇女和旗人，她（他）们大都烧香拜佛、念经敛钱和为人治病。弘阳教信奉的最高神祇是混元老祖（众神之王）、无极老祖（宇宙开辟者）、无生老母（极高的女性神），并借助儒、释、道三教抬高弘阳教在民众中的地位。混元教教首樊明德传有《混元点化书》、《大小问道经》。在《混元点化书》中含有“摸乾坤、换世界；反乱年，末劫年”等语，明确提出要改换世界、乾坤。樊明德被朝廷捕杀后，于乾隆五十三年（1788年），由他的弟子刘松、刘之协将混元教改名为三阳教，《混元点化书》易名为《三阳了道经》。“三阳说”主张把世界分为青阳、红阳和白阳三个时期，分别代表过去、现在和将来，也分别由燃灯佛、释迦佛和弥勒佛掌教。宣传“红阳劫尽，白阳当兴”。各地教徒不断以“官逼民反”为号召，发动武装斗争。嘉庆元年（1796年），终于爆发了波及川、鄂、陕、豫、甘五省，延续九年之久的白莲教大起义。
清代民间秘密宗教教派繁多，流传甚广，除上述几种派别外，还有青莲教、长生教、密教、真空教等，也都有一定的影响。另外，在民间秘密宗教中，还有大量从事符箓、咒语、幻术、房中等活动的教派，它们疏远政治，属于宗教方术、民俗、医学等范围。
二、民间秘密宗教的思想信仰
