清太宗崇德年间，达赖五世（1617—1682年）和班禅四世（1567—1662年）曾派遣使臣向清廷朝贡，并称太宗为“曼珠师利大皇帝”。太宗皇太极也以隆重的礼节接待了使者，还向达赖、班禅赠送了金碗、银盆等。这是清廷与西藏喇嘛教交往的开始。顺治九年（1652年）冬，五世达赖进京觐见顺治帝，顺治帝给予盛情接待，又在紫禁城太和殿举行大礼。翌年，顺治帝赐五世达赖金册、金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐印信。由此达赖被正式称为“达赖喇嘛”。五世达赖在京期间，特旨为其修建后黄寺作住所。之后，达赖、班禅每年奉贡遣使，均在此居住，使该寺成为清廷和西藏地方政府联系的桥梁。后黄寺初建时，清廷规定剃度的喇嘛人数定额为108人，顺治十四年（1657年）后增加为400人，是当时北京城内的喇嘛教总寺院。
五世达赖回藏后，便用清廷赐给的金银兴修包括布达拉宫在内的十余所寺庙，不久，又规定了黄教寺庙的各种制度，从而使喇嘛教在清代得到进一步的发展。五世达赖晚年，不问政事，专心著经，一生所著多达三十余卷，主要有《相性新释》、《西藏王臣史》、《菩提道次第论讲义》、《引导大悲次第论》等，这些著作都被西藏喇嘛教界奉为名著。
康熙年间，由于发生准噶尔叛乱，并企图割裂西藏，清廷为了恢复西藏地区的秩序和安定，采取了诸项措施：承认青海各部立的七世达赖（1708—1757年）；首次册封五世班禅（1663—1737年）为“班禅额尔德尼”，赐其金册、金印；派兵征讨侵藏的准噶尔军队。后又护送七世达赖入藏。康熙五十九年（1720年），七世达赖在拉萨坐床，受到喇嘛教僧侣的欢迎。到了雍正年间，雍正帝继承其祖、父政策，继续崇奉喇嘛教，并把自己当皇子时的王府更名为“雍和宫”，视其是京城内喇嘛教的中心寺院。又封蒙古大喇嘛哲布尊丹巴为“启法哲布尊丹巴喇嘛”，并赐予金印、敕书，以表彰他维护祖国统一的功绩。在乾隆时期，乾隆帝也很重视喇嘛教。清廷平定西藏农奴主的叛乱后，设置了“金奔巴”，即一种以金瓶掣签的方式选出正式灵童来继任达赖或班禅。这样就可以防止擅权舞弊，弄虚作假，以及各宗派之争。总之，清廷对喇嘛教采取的诸项政策，对加强民族团结、维护祖国统一起了积极作用。
清前期喇嘛教虽然也有许多派别，但在西藏处于统治地位、势力最大的还是黄教。乾隆初年，达赖、班禅所辖寺院总数达3500余所，僧人共有306200余人。当时名望最高、势力最大的寺院是达赖所属的哲蚌寺、色拉寺和甘丹寺。在这三大黄教寺院中，每寺都分设总教授（藏名为“错泌赤巴堪布”）1人、副总教授2人，主要负责全寺诵经、受戒以及讲学、考试等事务，他们则由达赖喇嘛考选任命，每任7年；襄佐4人，管理全寺的经济事务，每任也7年；正副监寺2人，管理、负责寺院的秩序、诉讼、僧众纪律等事务，任期1年。这三大寺的组织机构还分设磋钦、扎仓和扎厦。“磋钦”为全寺院的寺僧大会，负责组织僧众诵经、礼佛、集会、讲学、饮食等事务；“扎仓”为全寺院僧众学习喇嘛教经典、进行佛事的学校，在扎仓下还设“康村”（系）和“密村”（年级）；“扎厦”为全体僧众的宿舍。
如果俗人出家，首先拜师，穿上喇嘛服装，然后再到一般寺院里学习藏文学和佛经，有了一定基础、达到一定标准后，才可以到三大寺院里来学习；若依次学习完释论、般若、中论、戒律、俱舍论五大经典，经考试合格者，才能获得“喇嘛”或“格西”（教授）的称号。僧徒在戒律修行方面，一般地讲，藏传佛教中的红、花、白等教派都不实行禁欲主义，也就是说可以娶妻生子，传宗接代，还可以从事自己爱好的职业。但黄教则与此不同，它有着自己鲜明的特点，即教徒不准娶妻生子，过一般的家庭生活，也不许参加生产劳动。[43]
