鼓山元贤的传人道霈的思想曾为曹洞宗增光不少。道霈（1615—1685年），字为霖，自号旅泊、非家叟，建宁建安（今福建建瓯）人，俗姓丁，家庭世代奉佛，15岁出家。崇祯七年（1634年）参见鼓山元贤习禅，研习经教。顺治十四年（1657年），元贤命他继续住鼓山禅寺。从此，道霈就以曹洞宗师的身份弘教有14年。康熙十年（1671年），他外出游历共13年，每杖锡所至，即成丛林。道霈一生著作颇多，主要有《秉拂录》、《鼓山录》、《餐香录》、《还山录》、《开元录》、《灵石录》等。道霈著述的种类及法门繁多、广泛，同时代僧人与之无法相比。道霈阐扬佛教重在讲解注疏经教和刊刻流通佛籍，他不但对天台宗论著执严谨的修学态度，对其他经论也提倡认真研习。道霈还非常重视净土信仰，将西方净土与唯心净土混淆为一，主张“此去西方十万亿，只在当人一念中，心净自然佛土净，弥陀何处不相逢”[38]。道霈也很重视忏法和法事仪规，宣扬征应，其思想表现在他作的《中峰禅师施食科仪序》中，掺揉了禅旨的法事仪规。无明慧经是主张以农禅兴宗，反对禅僧像瑜伽教僧那样做佛事赚钱，变禅寺为“应院”。道霈断言念佛、诵经和各种法事，能拯救亡灵、驱病防灾、亲见佛祖。使禅宗成为包罗佛教一切法门的派别。
晦台元镜的弟子觉浪道盛在清初颇负盛名，尤其在士大夫中享有很大声誉，在曹洞宗一系堪称集大成的思想家。道盛（1592—1659年），号觉浪，别号杖人。福建浦城人，俗姓张，19岁出家，拜慧经弟子元镜门下，在江南各地布教弘禅40年。道盛的著述很多，“佛祖儒老内外篇集百有余种”[39]。主要著作有其弟子等编的《天界觉浪盛禅师语录》、《天界觉浪盛禅师全录》、《天界觉浪盛禅师嘉禾语录》、《杖人随集》等。道盛著作及思想的最大特点是“无法不收，无机不被”式的融佛教各门为一门，能适应各阶层的佛教需要，特别是具有“救时”的政治作用。他倡导“真儒必不辟佛，真佛必不非儒”[40]的儒释合一思想，渗透着内圣外王之道，以致在道盛门下，不仅有禅者，而且有儒者。他的先佛后祖之微，以及对明王朝的爱国情感，都曾为钱谦益、马嘉植等晚明遗民和士大夫们所叹服。
禅宗经过明清之交，曾一度活跃，随着清王朝的巩固、发展，逐渐与佛教的其他法门浸没为一。
净土宗在清前期仍为佛教各派的共同信仰。致力弘教的僧人也历世不绝，其中最为著名的是被称为“莲宗九祖”的实贤。
实贤（1686—1734年），字思齐，号省庵，俗姓时，江苏常熟人。少年出家，专修净土。主要撰有《劝发菩提心文》、《净土诗》、《西方发愿文注》、《续往生传》等。他自谓：“尝闻入道要门，发心为首；修行急务，立愿居先。”[41]而人的心愿具有邪、正、真、伪、大、小、偏、圆八个等级，因此，实贤提出用去邪、去伪、去小、去偏，取真、取正、取大、取圆等方法来“发心”。发心，也即发“菩提心”，这样来念佛，才能求生净土，把握佛质。实际上他是要教徒们遵守佛规，不贪欲求乐，不争名夺利。他死后，被尊追为莲宗（净土宗）的第九祖，其思想一直影响很大。
